Pod koniec stuletniej wojny pomiędzy kosmicznymi mocarstwami Gilgamesz i Balarant młody żołnierz Chirico Cuvie zostaje przeniesiony do oddziału prowadzącego podejrzaną misję, której zadaniem jest przejęcie eksperymentalne superżołnierza. Wplatany w spisek jest ścigany zarówno przez armię, jak i przestępców stojących za całą sytuacją. Jego celem staje się odnalezienie dziewczyny, rozwiązanie zagadki i przetrwanie oraz odkrycie, kim naprawdę jest.
Pomimo nadchodzącego końca 100 letniej wojny Chirico Cuvie, zostaje wysłany na kolejną misję, podczas której jego oddział atakuje placówkę zamaskowaną w asteroidzie. Jak się szybko okazuje Chirico zostaje zdradzony i trafia do niewoli.
Chirico dociera na planetę Uoodo, gdzie zostaje schwytany, przez bandę zmuszającą ludzi do niewolniczej pracy. Wraz z grupką więźniów postanawia uciec, wszczynając zamieszanie w obozie bandytów.
Ludzie Boone'a rozpoczynają polowanie na uciekinierów ukrywających się w mieście. W tym samym czasie Chirico poznaje Bouleuse'a Gotho, Vanillę Vartla i Coconnę, którzy pomagają mu naprawić, wyrzucony na złom, pancerz wspomagany, by rozprawić się z bandytami.
Chirico wraz z siłami policji niszczą bandytów. Zaraz po walce za namową Gotho chłopak, zgadza się wziąć udział w nielegalnych walkach prowadzonych w pancerzach wspomaganych. Przez przypadek odnajduje tam jednego z żołnierzy, którzy próbowali go zabić.
Chirico zostaje zatrzymany przez policję i poddany brutalnemu przesłuchaniu, gdyż nowy szef policji i jego świta to ludzie, którzy go zdradzili przy ataku na asteroidę. Dzięki pomocy przyjaciół udaje mu się uciec, ale tego samego dnia wpada w pułapkę i musi walczyć przeciwko trzem żołnierzom w pancerzach i policji.
Chirico chcąc odkryć dlaczego jest ścigany, włamuje się do siedziby policji i porywa jej szefa. W tym samym czasie jego przyjaciele udają się do bazy uzbrojenia. Wkrótce wszyscy spotykają się w bazie, i odnajdują tajemniczy prototyp.
Chirico wraz z przyjaciółmi, postanawiają zaatakować policyjny transport minerałów o ogromnej wartości. We wszystko wmieszani zostają bandyci, których atak odwraca uwagę policji, dając czas na porwanie ciężarówki.
Siły policji zamykają miasto co zmusza Gotho do wymiany Jiridium z policją, za sporą sumę złota, która uczyni bogatymi całą grupę. Transakcja okazuje się pułapką, a Chirico po raz pierwszy trafia na przeciwnika lepszego od siebie.
Chirico zostaje pokonany przez prototyp i trafia w ręce policji. Jego przyjaciele widząc co się stało postanawiają go odbić z konwoju, nawet za cenę zabranego policji złota. Czy poraz kolejny uda im się go uwolnić ?
Kryjówka Vanilli zostaje zaatakowana przez siły policyjne. Nie mając innego wyjścia przyjaciele ratują się desperacką ucieczką. Zaraz po tym Chirico postanawia wedrzeć się do siedziby policji i uwolnić prototyp. Podczas przygotowań wychodzi na jaw, że był członkiem Red Shoulders.
Chirico atakuje całe siły policji, zmierzając w kierunku kwatery głównej. W tym samym czasie Iskui i Borough próbują przeprogramować prototyp, by zabiła Chirico. Gdy im się to nie udaje, postanawiają ją oszukać, dzięki czemu staje do kolejnej walki.
Chirico i Prototyp dochodzą do porozumienia i wspólnie próbują przedrzeć się przez siły policji. W tym samym czasie Albert Killy konsultuje się z przełożonymi, wzywając wsparcie wojska.
Siły wojskowe rozpoczynają walkę z policją co prowadzi do zniszczenia miasta . W tym samym czasie spiskowcy próbują uciec z miasta z prototypem, w czym stara się im przeszkodzić Chirico i jego przyjaciele.
Chirico przybywa do królestwa Kummen gdzie trwa wojna domowa, pomiędzy siłami rządowymi i ukrywającymi się w dżungli rebeliantami. Nieoczekiwanie okazuje się, że są tam również jego przyjaciele, których pomoc ratuje go od uznania za szpiega.
Chirico próbuje stworzyć program, który dał by mu szansę w walce z Fyaną. Wszystko komplikuje nieoczekiwane zadanie, polegające na ochronie transportu zaopatrzenia, który w każdej chwili może być zaatakowany przez oddziały wroga.
Partyzanci atakują bazę pancerzy wspomaganych, za co w odwecie siły rządowe napadają na wioskę mającą być ich kryjówką. Pol Potaria rozpoznaje w jednej z miejscowych swoją przyjaciółkę. W tym samym czasie do wioski przybywają pancerze wspomagane rebeliantów.
Chirico unika śmierci z rąk Ypsilona i próbuje dotrzeć do kryjówki rebeliantów by spotkać się z Fyaną. Niestety zostaje schwytany i musi stanąć do kolejnego pojedynku z Ypsilonem, tym razem bez pancerzy.
Chirico wraca do bazy ale tylko dzięki pomocy przyjaciół nie zostaje poddany przesłuchaniu. W tym samym czasie rebelianci przypuszczają kolejny atak na bazę i Chirico wraz z pozostałymi rusza do kolejnej bitwy.
Artak rebeliantów niszczy bazę i osiedle, ale siły rządowe dostają wsparcie ze strony Melekian. Po walce Rochina opowiada Chirico o tym jak stworzono prototypowego PS i jakimi możliwościami dysponuje.
Tóż przed nadchodzącą bitwą Chirico wspomina wydarzenia jakie miały miejsce na Uoodo i swoje spotkanie z Fyaną. Jest to streszczenie wszystkich dotychczasowych odcinków.
Tuż przed nadchodzącą ofensywą. oddział pancerzy wspomaganych zostaje wysłany na tajną misję. Niestety bezwzględne rozkazy kapitana Kan Yu, wplątują żołnierzy w walkę z wrogiem ukrytym w świątyni.
Oddział kapitana Kan Yu trafia na tyły wroga i niszcząc kolejne oddziały przesuwa się do przodu, mając nadzieję na wykonanie powierzonego mu zadania. Do walki z nim wysłany zostaje więc Ypsilon i jego specjalny odział.
Fyana ratuje życie Chirico, ale sama staje się celem niedawnych sojuszników. Uciekając przed nimi, zostaje schwytana przez Kan Yu, który chce ją przekazać generałowi. Na szczęście odnajduje ich Chirico.
Grupa przedziera się przez kolejne oddziały wroga, dochodząc do jednej z pomniejszych baz, w której odbiciu pomaga im Fyana. Niestety, zostają uznani za zdrajców i teraz obie strony konfliktu są przeciw nim.
Chirico i jego grupa, dzięki dywersji docierają do kwatery głównej rebeliantów. W tym samym czasie Monika odkrywa prawdziwe plany księcia, a Ypsilon czeka na nowy pancerz wspomagany.
Gdy Chirico i jego grupa walczy z odziałami rebeliantów w ich bazie, siły rządowe przypuszczają ostateczny atak na bazę. W tym samym czasie Ypsilon otrzymuje nowy pancerz i włącza się do walki, a Pol Potaria trafia do komnaty księcia, by go zabić.
Chirico i Fyana próbują uzyskać informacje od Borougha, ale zostają odkryci przez Ypsilona, który tylko czeka, by wyeliminować chłopaka. Pojedynek zostaje przerwany, gdy wokół nich pojawiają się najemnicy Gon Nu i żołnierze Malekian, ścigający zarówno Chirico, jak i dwoje PS.
Chirico i Fyana budzą się na nieznanym statku kosmicznym, który okazuje się opustoszały. Daje im to szansę lepiej się poznać. Niestety, moment szczęścia zostaje przerwany, gdy komputer pokładowy puszcza nagrania brutalnych ataków Red Shoulders, co budzi niechciane wspomnienia.
Chirico i Fyana odpierają atak sił Balarantu, ale walka podsycana wspomnieniami kieruje chłopaka ku szaleństwu. Gdy Chirico popada w obłęd, Fyana musi sama zmierzyć się z kolejną falą najeźdźców.