Jest rok 2031. Yuji Kaido dwadzieścia lat wcześniej został poddany kriogenicznemu zamrożeniu z powodu ciężkiej choroby. Teraz kiedy się budzi Ziemia nie jest już tą samą planetą jaką zapamiętał. Kontrolę nad nią przejęła pozaziemska rasa kosmicznych insektów zwanych Blue. Przed Yuji i nielicznymi, którzy osiedlili się na stacji kosmicznej zwanej Drugą Ziemią, wielkie wyzwanie wyswobodzenia rodzimej planety z rąk najeźdźców.
Po rozpoczęciu intensywnego treningu bojowego z nowo utworzoną Brygadą Śpiących Yuji staje się obiektem zainteresowania Alicii, a Marlene odkrywa, że ich przełożeni mają wile sekretów.
Oddział śpiących zostaje wysłany na Ziemię, gdzie rozpoczęto ofensywę w Afryce. Szybko okazuje się, że ich umiejętności i nowe pancerze mogą przechylić szalę zwycięstwa na stronę ludzi. Niestety, zmienia się również zachowanie Yujiego.
Oddział odnosi kolejne sukcesy w walce z Blue, ale obsesja Yujiego pogłębia się i teraz to on staje się wyprany z uczuć, a jedyne, co się dla niego liczy, to zabijanie potworów.
Dyrektor Miyagi wyjawia Marlenie prawdziwą przyczynę przyspieszonego tempa osiągnięć Yujiego. Niestety dobroczynne „komórki B” powodują również zmiany jego osobowości i mogą spowodować całkowitą przemianę.
Nieoczekiwanie pojawia się więcej Blue niż przypuszczano, a atak zmienia się w desperacką ucieczkę. W tym samym czasie Marlene musi zmierzyć się z Yujim i sprawić, by na powrót stał się tym chłopakiem, jakiego znała.
Podczas gdy Marlena odlatuje wraz z rozbitym psychicznie Yujim z powrotem na Drugą Ziemię, Tony wykorzystuje swoje umiejętności i sprowadza na stację medyczną Blue.
Ocalali na pokładzie Second Earth zaczynają odbudowę po niszczycielskim ataku Tony'ego. Dyrektor Miyagi przedstawia swój plan uczynienia Drugiej Ziemi stałym domem dla rasy ludzkiej.
Nieoczekiwanie dochodzi do masowej migracji Blu, które zaczynają koncentrować się w jednym z gniazd. Niewielka grupa ochotników wyrusza by sprawdzić co się dzieje.
Yuji wraz z Marlene i kilkoma innymi udają się do środka opuszczonego gniazda, gdzie odnajdują dziwną anomalię. Jest on strzeżona przez zupełnie nowy rodzaj Blue, o wiele groźniejszy niż spotkane dotychczas.