Jest rok 2031. Yuji Kaido dwadzieścia lat wcześniej został poddany kriogenicznemu zamrożeniu z powodu ciężkiej choroby. Teraz kiedy się budzi Ziemia nie jest już tą samą planetą jaką zapamiętał. Kontrolę nad nią przejęła pozaziemska rasa kosmicznych insektów zwanych Blue. Przed Yuji i nielicznymi, którzy osiedlili się na stacji kosmicznej zwanej Drugą Ziemią, wielkie wyzwanie wyswobodzenia rodzimej planety z rąk najeźdźców.
Yuji Kaido budzi się z kriogenicznego snu, ale świat, w jakim się znalazł, to istny koszmar. Ścigany przez gigantyczne owady zostaje uratowany przez kobietę w pancerzu wspomaganym.
Yuji dowiaduje się strasznej prawdy o Błękitnych i świecie, w jakim przyszło mu się przebudzić. Marlene i jej drużyna zmierzają do lądowiska, by odlecieć na stację kosmiczną, jednak nie wszystko idzie po ich myśli.
Zdziesiątkowana drużyna odnajduje ocalały statek, którym próbuje wydostać się do strefy ewakuacji. Nie mając innego wyjścia Yuji rozpoczyna szkolenie w pancerzu.
Yuji, Marlene i Joey wchodzą do centruk komunikacyjnego by porozumieć się ze stacją kosmiczną. W środku odkrywają, że robale mutują, zmieniając się w coraz groźniejsze formy. Wkrótce potwory odkrywają kryjówkę ocalałych.
Marlene i Yuji docierają do zniszczonej bazy, gdzie zostają zaatakowani przez nieznanego Blue. Przed śmiercią ratuje ich tajemniczy Dice i jego uszkodzony pancerz. Teraz wspólnie będą musieli pokonać potwora strzegącego bazy.
W trakcie walki z Blue i burzy piaskowej Yuji zostaje oddzielony od Marlene i Dice'a. Uratowany z pustyni przez grupę koczowników, zaprzyjaźnia się z córką wodza Eleną. Niestety ich spokojne życie zakłócą pojawienie się bandy dezerterów.
Marlene i Dice odnajdują Yujiego, który dołączył do nomadów. Marlene naciska na Yujie, aby kontynuował podróż na Drugą Ziemię, ale Yuji odmawia, chcąc zostać z Eleną.
Marlena i Yuji przybywają do Bajkonuru, ale baza broniona jest przez roboty, traktujące ludzi jak wrogów. Na szczęście w pobliżu ukrywa się kolejny oddział, planujący nasłać potwory na obronę bazy, by niepostrzeżenie się do niej wślizgnąć.
Plan udaje się i członkowie oddziału docierają do wahadłowca, ale wtedy okazuje się, że Han postanawia zostawić wszystkich na Ziemi. Na szczęście dochodzi do awarii zasilania.
Ciężko ranny Yuji przybywa na Druga Ziemię i trafia pod opiekę lekarzy. W tym samym czasie Marlene zostaje osądzona przez członków rady i wraca do treningów, ale nie jest już tym kim była.
Po rozpoczęciu intensywnego treningu bojowego z nowo utworzoną Brygadą Śpiących Yuji staje się obiektem zainteresowania Alicii, a Marlene odkrywa, że ich przełożeni mają wile sekretów.
Oddział śpiących zostaje wysłany na Ziemię, gdzie rozpoczęto ofensywę w Afryce. Szybko okazuje się, że ich umiejętności i nowe pancerze mogą przechylić szalę zwycięstwa na stronę ludzi. Niestety, zmienia się również zachowanie Yujiego.
Oddział odnosi kolejne sukcesy w walce z Blue, ale obsesja Yujiego pogłębia się i teraz to on staje się wyprany z uczuć, a jedyne, co się dla niego liczy, to zabijanie potworów.
Dyrektor Miyagi wyjawia Marlenie prawdziwą przyczynę przyspieszonego tempa osiągnięć Yujiego. Niestety dobroczynne „komórki B” powodują również zmiany jego osobowości i mogą spowodować całkowitą przemianę.
Nieoczekiwanie pojawia się więcej Blue niż przypuszczano, a atak zmienia się w desperacką ucieczkę. W tym samym czasie Marlene musi zmierzyć się z Yujim i sprawić, by na powrót stał się tym chłopakiem, jakiego znała.
Podczas gdy Marlena odlatuje wraz z rozbitym psychicznie Yujim z powrotem na Drugą Ziemię, Tony wykorzystuje swoje umiejętności i sprowadza na stację medyczną Blue.
Ocalali na pokładzie Second Earth zaczynają odbudowę po niszczycielskim ataku Tony'ego. Dyrektor Miyagi przedstawia swój plan uczynienia Drugiej Ziemi stałym domem dla rasy ludzkiej.
Nieoczekiwanie dochodzi do masowej migracji Blu, które zaczynają koncentrować się w jednym z gniazd. Niewielka grupa ochotników wyrusza by sprawdzić co się dzieje.
Yuji wraz z Marlene i kilkoma innymi udają się do środka opuszczonego gniazda, gdzie odnajdują dziwną anomalię. Jest on strzeżona przez zupełnie nowy rodzaj Blue, o wiele groźniejszy niż spotkane dotychczas.