Po apokaliptycznej epidemii Japonia traci niezależność na rzecz międzynarodowej organizacji. Licealista Shu, który odkrył w sobie niezwykłą moc, dołącza do ruchu oporu.
Po epidemii wirusa Apokalipsy władzę w Japonii sprawuje organizacja GHQ. Licealista Shu poznaje swoją idolkę — piosenkarkę Inori, która walczy z narzuconym porządkiem.
Broń genetyczna doprowadza do nagłego starcia Domu Pogrzebowego z GHQ. Shu niszczy Endlave i ucieka przed niebezpieczeństwem, ale Gai zmusza go do dołączenia do walki.
Po zdradzie Yahira podejrzany o terroryzm Shu trafia za kratki. Zastanawia się, czy może zaufać Segaiowi z GHQ. Tymczasem ktoś przypuszcza atak na więzienie.
Gai i Segai dochodzą do porozumienia, przez co informacje o incydencie znikają z GHQ, a życie Shu wraca do normy i może on wrócić do swojej stęsknionej klasy.
Shu nie jest w stanie uratować Juna. Po błędach spowodowanych przez własne ego boi się używać voidów. Jednak gdy Tokio zostaje zaatakowane, musi dokonać wyboru.
Wirus krystalizuje się i atakuje zarówno wrogów, jak i sojuszników. W Tokio wybucha panika. Keido przeprowadza zamach stanu i zrzuca winę na Dom Pogrzebowy.
Shu przywraca porządek wśród uczniów i zostaje przewodniczącym szkolnego samorządu, jednak to nie koniec problemów. Tragedia zmusza Shu do przemyślenia pewnych spraw.
Arisa odkrywa tajemnicę, która może zakończyć tyranię Shu. Zostaje zmuszona do milczenia, jednak plotki szybko się rozchodzą. Shu wprowadza w życie plan Exodus.
25 grudnia 2039 roku. Świat, jaki znamy, już nie istnieje. Zaczyna się nowy porządek. Na całym świecie ogłoszono czwartą apokalipsę. Shu staje twarzą w twarz z wrogiem.
Rozpoczyna się bitwa, która zadecyduje o losie ludzkości. Zderzają się potężne moce. Shu musi uratować Inori. Atakuje oddział 24, gdzie czeka na niego Gai.