Pewnego dnia pięcioletni Sosuke znajduje nad brzegiem morza małą rybkę, którą nazywa Ponyo. W rzeczywistości jest ona dzieckiem morskiego maga, który wyrusza na jej poszukiwanie. Gdy ją odnajduje, zabiera z powrotem do morza. Ponyo jednak znowu ucieka przybierając postać małej dziewczynki. Wydostaje się na powierzchnię i wraca do chłopczyka.