W szpitalu Świętego Bonawentury w San Jose odbywa się nadzwyczajne zebranie zarządu. Szef chirurgii, doktor Andrews sprzeciwia się decyzji dyrektora, dr Glassmana, który przyjął nowego rezydenta, doktora Shauna Murphy'ego, dotkniętego autyzmem, ale mającym też zespól sawanta. Doktor Murphy jest zachowującym się nieco dziwacznie i nieprzystosowanym społecznie geniuszem. Po przegranym przez Glassmana głosowaniu okazuje się, że Shaun na lotnisku ocalił życie chłopcu poranionemu odłamkami szkła, i jest to wiadomość numer 1 we wszystkich mediach. Shaun, który przyjechał do szpitala wraz z rannym chłopcem, upiera się, że trzeba mu zrobić echokardiogram. Zostaje jednak zignorowany i wyrzucony z budynku szpitala. Kiedy jednak podczas operacji dochodzi do zaskakujących powikłań, chirurdzy postanawiają zapytać namolnego dziwaka, co miał na myśli. Zarząd wraca do sprawy zatrudnienia Shauna. Glassman stawia na szali swoje stanowisko. Przed powtórnym głosowaniem autystyczny lekarz, nareszcie obecny w szpitalu, ma szansę się wypowiedzieć.

Pierwszego dnia pracy Shaun zjawia się w szpitalu spóźniony i wywołuje przerażenie pacjentki mówiąc na głos, że jej guz jest złośliwy. Zirytowany szef zespołu, doktor Melendez, powierza mu nieważne i nudne obowiązki. Podczas operacji nowotwór Stephanie okazuje się być umiejscowiony w taki sposób, że jego wycięcie jest niemożliwe. Rezydentka Claire jest załamana, bo wcześniej obiecała kobiecie, że wszystko będzie dobrze. Shaun wymyśla kontrowersyjny sposób, jak można usunąć guz.

W San Francisco znajduje się dawca wątroby pilnie potrzebny u Św. Bonawentury w San Jose. Doktorzy Murphy i Drowne zostają wysłani śmigłowcem po organ do przeszczepu. Nie mogą jednak wrócić drogą powietrzną z uwagi na mgłę. Ruszają zatem radiowozem policyjnym, po drodze dokonując na autostradzie operacji chirurgicznej organu. Tymczasem w szpitalu pojawiają się wątpliwości co do zasadności przeszczepu u czekającego biorcy. Zarząd szpitala staje przed trudną decyzją: czy pomóc jednemu pacjentowi zadzierając z Rejestrem Przeszczepów, przez co szpital może być pomijany podczas przydzielania narządów. Czy lekarze zdążą dostarczyć na czas organ zdolny do przeszczepu? Czy biorca dostanie nową szansę na życie?

Kapiący kran nie daje Shaunowi zasnąć. Kiedy przystępuje on do naprawy, nie może znaleźć śrubokrętu, wpada w panikę i przewraca całe mieszkanie do góry nogami. Z opresji ratuje go dopiero doktor Glassman. W szpitalu, Shaun znowu podpada Melendezowi.

Marnotrawny syn nawet nie zadzwonił po śmierci matki. Wraca do domu po długim pobycie w Tajlandii. Ojciec wita go chłodno, ale po chwili upada i zaczyna się dusić. W szpitalu, poproszono o konsultację Melendeza, bo pacjent skarży się na silny ból brzucha.

Podczas zapowiadającej się spokojnej zmiany nocnej do szpitala trafia ponad 20 ofiar wypadku autobusu z gośćmi weselnymi. Cały personel ma pełne ręce roboty. Jared dostaje młodą kobietę z rozległymi oparzeniami. Oszpecona dziewczyna rozpacza.

Dr Glassman martwi się, jak Claire radzi sobie ze świadomością, że uśmierciła pacjentkę. Wysyła ją do psychologa, ale rezydentka nie widzi problemu i na swój sposób przygotowuje się do wizyty. Jared znowu musi wykazać się nie jako lekarz, ale psycholog.

Lea zjada ostatnie jabłko Shauna. Ten idzie do sklepu po następne i w tym momencie dochodzi do napadu. W efekcie, do szpitala trafia postrzelona dziewczyna - klientka, bandyta ze zmiażdżoną tchawicą... oraz cały i zdrowy Shaun.

Szpital chwali się programem dobroczynnej pomocy krajom Trzeciego Świata. Ponieważ akcja ma wymiar propagandowy, Aoki, przy pomocy głównego kardiologa, wciska Melendezowi uroczego chłopca z Afryki.

Jared i Shaun mają okazję asystować przy bardzo ciekawej operacji. Pacjentem jest celebryta, zawodowy gracz komputerowy. Andrews pozwala Jaredowi wykonać część zabiegu, dzięki czemu rezydent może się wykazać. Natomiast Melendez zbywa wszelkie uwagi Shauna. Widząc to pacjent zaczyna buntować młodego lekarza, wykładając mu swoją filozofię życia. Wyniki badania, na które nalegał Shaun, są zaskakujące. Tymczasem Claire, która przegrała losowanie, pomaga doktorowi Coyle'owi ratować nogi młodej kobiety. Chirurg stara się stworzyć miłą atmosferę i pozwala młodszej koleżance na samodzielne operowanie. Rezydentka jednak negatywnie odbiera jego gest.

Zdesperowany Shaun gotów jest wrócić do rodzinnego Jasper, w którym czuje się bezpiecznie. Lea przekonuje go, że w takim stanie nie powinien podejmować ważnych decyzji. Postanawiają wyruszyć w spontaniczną podróż za miasto. Tymczasem lekarze ze szpitala Świętego Bonawentury muszą podjąć się skomplikowanego przeszczepu nerki u bliźniaczek syjamskich. Jedna z sióstr ma być dawcą, druga biorcą organu. Pacjentki muszą mieć zdrowe nerki, aby dokonać u nich zabiegu rozdzielenia, który ma się odbyć za pół roku. Podczas operacji dochodzi jednak do groźnego powikłania...

Po operacji rozdzielenia budzi się się tylko jedna z sióstr syjamskich – Jenny, natomiast Katie pozostaje w śpiączce. Shaun proponuje niekonwencjonalny sposób wybudzenia jej, czym wzbudza podziw neurochirurg, doktor Ko. Murphy prosi Melendeza o list polecający. Zamierza odejść ze szpitala Świętego Bonawentury i przenieść się do Hershey w Pensylwanii, dokąd wyprowadziła się Lea.

Claire asystuje doktor Lim przy operacji pękniętego tętniaka mózgu u ojca rodziny, którego znalazł małoletni syn, Payton. Badanie pooperacyjne ujawnia drugi tętniak, grożący pęknięciem. Lin nie czuje się pewnie w wykonywaniu optymalnego zabiegu.

Lim proponuje Melendezowi zawody. Specjaliści z zespołem stażystów mają zająć się podobnymi przypadkami, a zwycięży ten, kto zostanie lepiej oceniony przez pacjenta. Dolegliwości w rzeczywistości różnią się od siebie bardziej, niż się początkowo wydawało. Lim, Shaun i Jared zajmują się nastoletnią dziewczynką, która okazuje się chłopcem. Tymczasem Melendez, Claire i Morgan próbują pomóc samotnemu ojcu, który sam sprokurował sobie poważny problem. Rezydenci dowiadują się, że nie wszyscy mogą liczyć na stałe zatrudnienie, dlatego rywalizacja między nimi przybiera na sile. Po kilku miesiącach starań o dziecko Andrews i jego żona, Isabel, odwiedzają specjalistkę w leczeniu niepłodności.

Pacjentką doktora Murphy'ego jest nastolatka, która cierpi na bardzo rzadką chorobę serca. Dziewczyna, uwięziona w domu przez swoją przypadłość, ma dużą grupę przyjaciół, z którymi komunikuje się online. Ma też nadzieję, że udany przeszczep serca uwolni ją od dotychczasowego życia. Idealny dawca rodzi jednak dylematy moralne rodziców i pacjentki.

Rezydenci nadal pracują podzieleni. Oba zespoły dostają pozornie banalne przypadki: bólu szyi u mężczyzny, który przed laty doznał porażenia dolnej połowy ciała w wyniku wypadku na motocyklu, oraz 50 - letniej kobiety z zakażeniem kosmetycznego implantu policzka. W oby przypadkach, różnie ważne jak strona medyczna, okazują się relacje pacjentów z małżonkami, głębokość uczucia między nimi i wsparcie, jakie otrzymują od życiowego partnera.

Dr Murphy kwestionuje potrzebę wykonania operacji, która miała pozwolić jego młodej pacjentce uśmiechnąć się pierwszy raz w życiu. Młody doktor obawia się, że zabieg może okazać się tragiczny w skutkach, a ryzyko komplikacji jest większe niż korzyści. Tymczasem Brown i Reznick odkrywają, że przyjęta na oddział dziewczyna kłamie na temat swojej tożsamości. Shaun próbuje swatać doktora Glassmana z barmanką.

Shaun jest rozkojarzony z powodu niepokojących wieści o Glassmanie i popełnia błąd, który może zrujnować jego karierę.