Godzilla jest coraz potężniejsza i wydawać by się mogło, że nie da się jej powstrzymać. Jej panowaniu zagrozi jednak niszczycielska siła z kosmosu – trójgłowy smok Król Ghidorah. W tym zwieńczeniu trylogii anime o tytułowym potworze dwóch potężnych przeciwników stanie do epickiej walki na śmierć i życie. Kto zwycięży w tym starciu? I czy jest jeszcze jakaś nadzieja dla ludzkości?