Trzy lat po wydarzeniach z części pierwszej Yulya Lebedeva pod okiem Ministerstwa Obrony testuje nabyte dzięki obcym umiejętności. W tym samym czasie do Ziemi przybywa gigantyczny statek obcych sterowany przez sztuczną inteligencję zwaną Ra. Widząc w dziewczynie zagrożenie, postanawia ją zniszczyć, ale na pomoc przychodzi jej obcy Hijken i niedawny wróg – Artyom.