Kontynuacja przeboju kinowego z 2014 roku. Teraz bohaterowie muszą powrócić, by uratować miasto przed niebezpiecznym zagrożeniem. Raphael, Splinter, Donatello i Michelangelo muszą walczyć jeszcze z większymi i gorszymi złoczyńcami, którzy pod przywództwem Shreddera chcą zrealizować plan zapanowania nad światem.
W tajnej bazie, położonej na jednym z księżyców Marsa, prowadzone są badania nad teleportacją, z wykorzystaniem technologi obcych. Po kolejnym eksperymencie kontakt z placówką urywa się, a wojsko wysyła oddział marines by sprawdzili co się stało. Na miejscu okazuje się, że test sprowadził do bazy potwory z innego wymiaru zagrażające całej ludzkości.
Dwóch członków załogi budzi się z hipersnu na pokładzie kosmicznego statku. Ich wyposażenie jest uszkodzone, a pamięć niekompletna. Jaka była ich misja? Ile mineło czasu? Gdzie są? Kim są? Próbując wszystko poskładać w całość odkrywają, że nie są sami na pokładzie. Na statku znajdują się "plemienni mieszkańcy" wyposażeni w brutalną broń. Bohaterowie odkrywają, że cała załoga została zabita, a przyszłość ludzkiej rasy zależy od ich posunięć. Muszą odzyskać kontrolę nad statkiem zanim zrobi to Pandorum.
Jest niedaleka przyszłość. Na Ziemi zaczyna brakować miejsca dla zwiększającej się populacji ludzkiej. Jedynym wyjściem jest skolonizowanie oddalonej o setki tysięcy lat świetlnych planety Alpha Prime. Na pokładzie statku kosmicznego Jupiter 2 wyrusza ekspedycja badawcza pod dowództwem profesora Robinsona.
Już od startu misję usiłuje udaremnić tajemniczy doktor Smith. Z jego winy Jupiter 2 ulega katastrofie i wypada z kursu. Profesor Robinson i jego załoga trafiają w niezbadane rejony wszechświata, gdzieś poza czas i przestrzeń. Teraz czeka ich wędrówka po najodleglejszych galaktykach, starcie z Obcymi i walka z doktorem Smithem...
Na rozpadającą się planetę Aegis VII przybywa statek ratunkowy USG O'Bannon. W trakcie akcji jeden z astronautów dotyka odłamka markera i popada w obłęd, sabotując misję. Planeta ulega zniszczeniu, a garstka ocalałych dociera na O'Bannona, gdzie jeden z naukowców rozpoczyna badanie odłamka. Na efekty nie trzeba długo czekać, bo znajdujące się na pokładzie ciała przemieniają się w nekromorfy.
Dwoje łowców klonów zostaje wynajętych przez pewnego bogacza, do złapania jego klona, który uciekł kilka dni wcześniej i planuje zagładę całej planety. Podczas śledztwa wychodzi na jaw, że klon posiada telepatyczne zdolności i możliwość kontrolowania umysłów.
Harry Trent wykrada wahadłowiec i ucieka nim w przestrzeń kosmiczną. Będąc na orbicie widzi jak Ziemia zostaje zaatakowana i podbita przez obcych. Pięć lat później Trent wraca na zniszczoną Ziemię, by zmierzyć się z mutantami, potworami i zdziczałymi ludźmi, a w końcu z pomocą przyjaciół zniszczyć najeźdźców.
Harry Trent przemierza postapokaliptyczny świat walcząc z potworami, mutantami i ocalałymi ludźmi jacy staną mu na drodze. Pewnego dnia spotyka kobietę, która prosi go o pomoc w uratowaniu siostry, z rąk straszliwych mutantów dowodzonych przez szalonego Reinharta Rexa.
Czterech astronautów wracając z pierwszej ekspedycji na Marsa, wpada w dziwną anomalię, która przenosi ich w przyszłość. Po wylądowaniu okazuje się, że Ziemia zamieszkiwana jest przez hordy mutantów, a inteligentne resztki ludzkości ukrywają się w podziemnym kompleksie.
Mieszkający w postapokaliptycznym Nowym Jorku Sam i Tom, uciekają z miasta ścigani przez żołnierzy okrutnego tyrana. Dotarłszy do morza, chłopcy spotykają staruszka, z którym wypływają w rejs. Po jakimś czasie udaje im się dotrzeć na tropikalną wysepkę. Niestety sielanka nie trwa długo, gdyż wyspa rządzona jest przez złą królową, mającą władzę nie tylko nad jej mieszkańcami, ale i morskimi potworami.