Filmy upadek z wysokości, amnezja, przemiana, nadprzyrodzona moc

Wydarzenia przedstawione w filmie mają miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z „Magneto” i atakują siedzibę organizacji.

Profesor Charles Xavier, najpotężniejszy telepata na świecie, założył szkołę, w której „mutanci” uczą się wykorzystywać swoje moce dla dobra całej ludzkości – tej samej, która nie chce uznać ich prawa do życia i samostanowienia… W szkole profesora Xaviera pojawia się dwoje nowych „mutantów”: Logan/Rosomak, samotnik ze stalowymi szponami u rąk, który posiadł niezwykłą moc regeneracji, i Marie/Ruda, wyalienowana nastolatka, która pochłania siły życiowe i wspomnienia każdego, kogo dotknie. Rosomak i Ruda wstępują w szeregi „X-Menów”, którzy stają do walki z dawnym kolegą profesora Xaviera, Erikiem Lehnsherrem, zwanym „Magneto”. „Magneto”, dysponujący ogromną mocą „mutant" odwrócił się od społeczeństwa, wyznaje bowiem pogląd, że ludzie i „mutanci” nie mogą pokojowo współistnieć…

Obdarzony regeneracyjnymi zdolnościami mutant przemierza kolejne lata szukając życiowego celu, zamiast tego odnajduje go wojsko.

Żyjący na Marsie agent, odkrywa niecne zamiary swoich pracodawców. Ci, aby uniknąć zdemaskowania, całkowicie zmieniają jego pamięć.

Nick Grant nawiązuje kontakt z 13-letnią Cassie, która potrafi przewidywać przyszłość. Wkrótce oboje muszą znaleźć ukrywającą się w Hongkongu dziewczynę o parapsychologicznych zdolnościach.