Filmy ratunek, superbohater, wiadomości telewizyjne, telekineza

Po tym, jak wynaleziona zostaje skuteczna kuracja niwelująca działanie genu „X” odpowiedzialnego za mutację, rząd rozpoczyna wdrażać w życie program szczepień mutantów, którzy zechcą dobrowolnie poddać się leczeniu. Braterstwo pod przewodnictwem „Magneto” uznaje tę propozycję za poważne zagrożenie i wkrótce okazuje się, że nie były to płonne obawy. Profesor Xavier, przywódca X-manów i dyrektor ośrodka szkoleniowego dla uzdolnionej młodzieży zostaje niespodziewanie skonfrontowany z faktem, że Jean Grey, która była uznana za zmarłą, nagle powraca jako obdarzona niespotykaną siłą, ale niestabilna emocjonalnie Phoenix. Film dotyka tematu inżynierii genetycznej i sposobu wykorzystania możliwości tkwiących w tej dziedzinie nauki, włączając w to rozważanie moralny aspekt działania w tym zakresie.

W ostatnich dniach planety Krypton, naukowiec Jor-El wysyła swego syna na Ziemię, aby uratować go przed zagładą. Przygarnięty przez małżeństwo Kentów, Kal-El próbuje dostosować się do ludzi, co jest niezwykle trudne, gdy dysponuje się nadludzkimi mocami. W końcu udaje mu się dowiedzieć kim jest, ale sprowadza to na Ziemię kryptońskich przestępców dowodzonych przez generała Zoda.

Wydarzenia przedstawione w filmie mają miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z „Magneto” i atakują siedzibę organizacji.

Zanim Charles Xavier i Erik Lensherr przybrali imiona Profesor X i Magneto, byli młodymi ludźmi, którzy odkryli w sobie niezwykłe moce. Nim zostali zaciętymi wrogami, byli bliskimi przyjaciółmi, którzy połączyli swe siły z innymi Mutantami, aby zapobiec największemu zagrożeniu, przed którym stanął świat. Wkrótce jednak rozdzielił ich konflikt, który doprowadził do wybuchu wiecznej wojny między Bractwem skupionym wokół Magneto a grupą X-Men, której przewodził Profesor X.