Filmy prolog, eksplozja, most

W Mission: Impossible - Dead Reckoning - Part One Ethan Hunt (Tom Cruise) i jego zespół IMF rozpoczynają swoją najniebezpieczniejszą misję. Są na tropie nowej, przerażającej broni, która zagraża ludzkości. Muszą zdążyć zanim broń wpadnie w niepowołane ręce. Stawką jest kontrola nad przyszłością i losami świata. Kiedy mroczne siły z przeszłości Ethana zbliżają się, rozpoczyna się śmiertelny wyścig dookoła globu. W obliczu tajemniczego, wszechpotężnego wroga Ethan jest zmuszony uznać, że nic nie ma większego znaczenia niż jego misja - nawet życie tych, na których mu najbardziej zależy.

Kiedy wynalezione zostaje lekarstwo na mutacje, mutanci po raz pierwszy dostają możliwość wyboru: mogą zatrzymać swoje unikalne zdolności, które są jednak powodem ich izolacji i osamotnienia, albo pozbyć się ich i stać się normalnymi ludźmi. Różne punkty widzenia dwóch przywódców mutantów Charlesa Xaviera (Patrick Stewart), który domaga się tolerancji i zgody pomiędzy ludźmi i mutantami oraz „Magneto” (Ian McKellen), który wierzy, że przetrwać mogą tylko najsilniejsi, doprowadzają do ostatecznego testu: wojny, która ma zakończyć wszystkie wojny.

Podczas wojny toczącej się pomiędzy ludźmi a siłami sztucznej inteligencji, Joshua (Washington), były agent służb specjalnych, którego żona zaginęła w niejasnych okolicznościach, zostaje zrekrutowany do wytropienia i zlikwidowania nieuchwytnego architekta zaawansowanej technologii. Poszukiwany twórca wynalazł broń, która może przyczynić się do zakończenia wojny, ale też niesie niebezpieczeństwo unicestwienia całej ludzkości. Joshua i jego zespół elitarnych agentów, przekraczając linie wroga, docierają do mrocznego miejsca, gdzie odkrywają, że bronią będącą zagrożeniem dla świata, którą mieli zniszczyć, jest sztuczna inteligencja w postaci małego dziecka.

Pod koniec trwającej na Cybertronie wojny, przegrywające Autoboty wysyłają w przestrzeń kosmiczną Arkę - statek zawierający broń która może dać im zwycięstwo. Pojazd zostaje jednak uszkodzony i znika na wieki. Współcześnie przebywające już na Ziemi Autoboty wpadają na ślad rozbitego statku, którego wrak leży na księżycu. W jego szczątkach odnaleziony zostaje ich pierwszy przywódca Sentinel Prime, ale po jego przebudzeniu okazuje się, że przeszedł on na stronę Decepticonów, których oddziały czekają tylko na sygnał do ataku.