Filmy zdrada, superbohater, dźgnięcie, nadprzyrodzona moc

Po tym, jak wynaleziona zostaje skuteczna kuracja niwelująca działanie genu „X” odpowiedzialnego za mutację, rząd rozpoczyna wdrażać w życie program szczepień mutantów, którzy zechcą dobrowolnie poddać się leczeniu. Braterstwo pod przewodnictwem „Magneto” uznaje tę propozycję za poważne zagrożenie i wkrótce okazuje się, że nie były to płonne obawy. Profesor Xavier, przywódca X-manów i dyrektor ośrodka szkoleniowego dla uzdolnionej młodzieży zostaje niespodziewanie skonfrontowany z faktem, że Jean Grey, która była uznana za zmarłą, nagle powraca jako obdarzona niespotykaną siłą, ale niestabilna emocjonalnie Phoenix. Film dotyka tematu inżynierii genetycznej i sposobu wykorzystania możliwości tkwiących w tej dziedzinie nauki, włączając w to rozważanie moralny aspekt działania w tym zakresie.

Xavier jest potężnym mutantem, ekspertem w dziedzinie telepatii i jednocześnie założycielem szkoły dla mutantów. Tu każdy ma swoje nadzwyczajne zdolności: władza nad ogniem, lodem, zjawiskami atmosferycznymi, materią aż po znikanie i przechodzenie przez ściany. Jeden z przyjaciół Xaviera, „Magneto”, chce zniszczyć całą ludzkość, gdyż – jak uważa – jest ona zagrożeniem dla społeczności mutantów. Xavier jest jednak innego zdania, co doprowadza do wrogości między nimi. Jeden i drugi szykują się do walki, która zadecyduje o losach ludzkości.

Wydarzenia przedstawione w filmie mają miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z „Magneto” i atakują siedzibę organizacji.

Po stracie ukochanej Jean Logan zaszywa się w leśnych ostępach, odrzuciwszy to kim był. Nie mając już celu zgadza się wyruszyć do Japonii, by pożegnać się z człowiekiem, któremu przed laty uratował życie. Na miejscu wszystko się jednak gmatwa i Logan po raz kolejny musi walczyć o życie tylko, że tym razem niemalże jak zwykły śmiertelnik.

Obdarzony regeneracyjnymi zdolnościami mutant przemierza kolejne lata szukając życiowego celu, zamiast tego odnajduje go wojsko.

Zanim Charles Xavier i Erik Lensherr przybrali imiona Profesor X i Magneto, byli młodymi ludźmi, którzy odkryli w sobie niezwykłe moce. Nim zostali zaciętymi wrogami, byli bliskimi przyjaciółmi, którzy połączyli swe siły z innymi Mutantami, aby zapobiec największemu zagrożeniu, przed którym stanął świat. Wkrótce jednak rozdzielił ich konflikt, który doprowadził do wybuchu wiecznej wojny między Bractwem skupionym wokół Magneto a grupą X-Men, której przewodził Profesor X.