Filmy morderstwo, przyszłość, wózek inwalidzki, naukowiec, policja

Wydarzenia przedstawione w filmie mają miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z „Magneto” i atakują siedzibę organizacji.

Profesor Charles Xavier, najpotężniejszy telepata na świecie, założył szkołę, w której „mutanci” uczą się wykorzystywać swoje moce dla dobra całej ludzkości – tej samej, która nie chce uznać ich prawa do życia i samostanowienia… W szkole profesora Xaviera pojawia się dwoje nowych „mutantów”: Logan/Rosomak, samotnik ze stalowymi szponami u rąk, który posiadł niezwykłą moc regeneracji, i Marie/Ruda, wyalienowana nastolatka, która pochłania siły życiowe i wspomnienia każdego, kogo dotknie. Rosomak i Ruda wstępują w szeregi „X-Menów”, którzy stają do walki z dawnym kolegą profesora Xaviera, Erikiem Lehnsherrem, zwanym „Magneto”. „Magneto”, dysponujący ogromną mocą „mutant" odwrócił się od społeczeństwa, wyznaje bowiem pogląd, że ludzie i „mutanci” nie mogą pokojowo współistnieć…

Kiedy przypadkowo zahibernowany Miles Monroe (Woody Allen) budzi się po 200 latach, odkrywa, że przyszłość wcale nie jest tak jasna, jak kiedyś myślał - kobiety są oziębłe, mężczyźni to impotenci, a światem rządzi dyktator - bezcielesny nos. Ścigany przez policję i zwerbowany przez rebeliantów, by udaremnić próbę sklonowania tyrana, spotyka piękną i niezbyt utalentowaną poetkę Lunę (Keaton). Gdy Miles zostaje schwytany przez agentów rządowych i zaprogramowany tak, by wierzył, że jest Miss Ameryki, to właśnie Luna musi go uratować, poprowadzić rebeliantów i utrzeć nosa... nosowi.