Filmy tajemnica, lobotomia

Akcja filmu rozgrywa się w 1954 roku na jednej z wysp Zatoki Bostońskiej. Ze znajdującego się tam szpitala dla obłąkanych kryminalistów znika pacjentka. Dochodzenie w tej sprawie prowadzą szeryfowie federalni Teddy Daniels i Chuck Aule.

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.