Pułkownik Mamuro zostaje zabity i wrobiony w handel bronią. Nie wierząc w to Motoko postanawia oczyścić jego imię. Prawdy dociec chce również Daisuke Aramaki, który wynajmuje ją, by rozwikłała całą sprawę. W trakcie misji dołącza do niej Batou, ale zdobyte dowody zaczynają wskazywać na Motoko.