W sezonie 3. detektyw Benson (Mariska Hargitay) mierzy się z gniewem człowieka, którego posłała za kratki. Porwanie dziecka prowadzi kapitana Cragena (Dann Florek) do przygnębiającej, niewyjaśnionej dotąd sprawy. Poszukując przestępcy, detektyw Stabler (Christopher Meloni) współpracuje z dawnym kolegą (gościnnie David Keith).
Sekcja Specjalna jest wezwana na znane im już miejsce zbrodni – plażę, gdzie seryjny morderca Gregory Yates (gościnnie Dallas Roberts) pochował wiele ze swoich ofiar. Gdy nowe ciało zostaje wyrzucone na brzeg, detektyw Rollins (Kelli Giddish) próbuje skłonić go do zeznań. To, co ujawni, wstrząśnie policją. Część pierwsza z dwóch.
Whoopi Goldberg gościnnie w Sekcji Specjalnej. Głodujący kilkulatek wałęsający się po ulicach naprowadza detektywów na dom Manueli Ozuny (gościnnie Jessica Pimental), gdzie znajdują inne dziecko w poważnym stanie.
Detektywi z Chicago, Lindsay (gościnnie Sophia Bush) i Dawson (gościnnie Jon Seda) łączą siły z Sekcją w pościgu za dwoma zbiegłymi mordercami (powracający w rolach gościnnych Dallas Roberts i Jefferson Mays), których pomogli skazać.
Gdy brak dowodów zmusza Barbę (Raúl Esparza) do wycofania zarzutów w sprawie o gwałt przeciwko popularnemu aktorowi, Rollins (Kelli Giddish) bierze sprawy we własne ręce.
Dochodzenie w sprawie wykorzystywania seksualnego nieletnich uczennicach katolickiej szkoły prowadzi do postawienia szokujących zarzutów sędziom, prawodawcom, prokuratorze i członkom nowojorskiej policji.
Gdy jeden z członków Sekcji zostaje oskarżony o przyczynienie się do zatajenia przestępstwa, Sekcja nie szczędzi wysiłków, by wyjawić szczegóły sutenerskiej operacji głęboko osadzonej w rządzie, policji i kościele katolickim.
Detektyw Carisi udaje się pod przykrywką do przytułku dla bezdomnych, by wyjaśnić, czy jeden z jego mieszkańców, mający już na koncie napaść na tle seksualnym, jest podejrzanym w serii gwałtów w okolicy.
Młoda modelka jest zgwałcona przez fotografa jednego ze znanych domów mody. Oskarżony prosi swojego odnoszącego sukcesy brata, by ten pomógł mu pozbyć się zarzutów.
Producenci randkowego reality show robią z Benson (Mariska Hargitay) i Sekcji część programu, gdy ci badają sprawę jednej z uczestniczek, która zgłosiła gwałt.
Funkcjonariusz więzienny (Garret) zostaje aresztowany za seksualne wykorzystywanie więźniarek w trakcie i po ich pobycie w więzieniu. Związek, który go wspiera, bierze na celownik Barbę (Raúl Esparza) i Sekcję Specjalną.
Gdy dochodzenie w sprawie funkcjonariusza więziennego Garry'ego Munsona (gościnnie Brad Garret) wyjawia coraz więcej, on i jego związek podejmują drastyczne kroki, które zagrożą życiu zastępcy prokuratora Barby (Raúl Esparza) i członków Sekcji.