Tytułowego Baltazara Koberę poznajemy jako szesnastolatka, któremu ukazuje się na drodze archanioł Gabriel. Po śmierci ojca, Baltazar wstępuje do seminarium, które wkrótce porzuca i rusza w niezwykłą podróż, w czasie której, poprzez kontakt z zaświatami, przeżyje wiele niewiarygodnych przygód.