W miasteczku, w Oregonie giną nastolatkowie z jednej klasy. Mulder podejrzewa porwania przez kosmitów. Mulder głęboko wierzy w istnienie istot pozaziemskich i innych niewytłumaczalnych zjawisk, będących przedmiotami ich śledztw. Praca w Archiwum X jest dla niego próbą wyjaśnienia zagadki zaginięcia swojej siostry, która - jak twierdzi Mulder - została porwana przez obcych. Scully natomiast, jako naukowiec, jest bardzo sceptycznie nastawiona do wszelkich badanych przez nich spraw, choć w toku wydarzeń sama także zaczyna wierzyć w paranormalne zjawiska. Z czasem do Muldera i Scully dołączają agenci John Doggett i Monica Reyes tworząc drugi duet pracowników Archiwum X.

Mulder i Scully udają się do Idaho, gdzie prowadzą śledztwo w sprawie zaginięcia wojskowego pilota testowego, który pracował w tajnej bazie lotniczej. Na miejscu wpadają na trop eksperymentalnych samolotów, a Mulder podejrzewa, że wojsko wykorzystuje technologie pozyskane ze statku obcych, który rozbił się w Roswell.

Mulder i Scully mają zatrzymać Eugene'a Toomsa. Tooms jest seryjnym mordercą, mutantem, który posiada niezwykłą umiejętność. Potrafi on bowiem przecisnąć się przez najwęższe szczeliny, by dotrzeć do swych ofiar.

W małym miasteczku w stanie Iowa, znanym z dużej aktywności UFO, znika dziewczyna, w okolicznościach zbliżonych do zaginięcia siostry agenta Muldera. Młodszy brat zaginionej, który był świadkiem zajścia, zaczyna odkodowywać szum pochodzący z przekazu satelitarnego. Mulder wierzy, że jest to klucz do rozwiązania zagadki.

Zabójstwo pewnego bezdomnego mężczyzny, które w szczegółach bardzo przypomina zbrodnię popełnioną w 1947 roku, naprowadza Muldera i Scully na ślad legendarnej bestii, znanej jako Diabeł z Jersey, która od 40 lat grasuje po lasach okalających Atlantic City.

Dwójka terrorystów zostaje znaleziona martwa w jednym z zaułków Filadelfii. Mimo to ich temperatura jak i zachowanie mięśni wydają się być charakterystyczne dla żywej osoby. W trakcie śledztwa Mulder i Scully odkrywają kobietę wokół której dochodzi do niewyjaśnionych morderstw.

W nowoczesnym biurowcu dochodzi do niewyjaśnionych, śmiertelnych wypadków. Mulder i Scully odkrywają, że może być w to zamieszany system komputerowy zarządzający budynkiem który zyskał własną świadomość.

Mulder i Scully prowadzą dochodzenie w stacji badawczej na Antarktydzie. Okazuje się, że zarówno im jak i ekipie naukowców zagraża pasożyt niewiadomego pochodzenia który potrafi przejąć kontrolę nad ludzkimi umysłami.

Wskutek sabotażu misja promu kosmicznego kończy się fiaskiem. Agent Mulder zaczyna podejrzewać, że jeden z astronautów został opętany przez pozaziemską, niematerialną istotę. Sytuację komplikuje fakt, że jest nim pułkownik Marcus Belt którego Fox podziwia od czasów dzieciństwa.

Mulder otrzymuje informacje, że nieznany obiekt latający rozbił się w Townsend. Agent na własną rękę rozpoczyna śledztwo w obszarze objętym rządową kwarantanną, próbując odnaleźć pilota statku szybciej od wojskowych.

Gdy dwaj ojcowie, mieszkający po przeciwnych stronach kraju, zostają w niewytłumaczalny sposób zamordowani dokładnie o tej samej godzinie i w ten sam sposób, Mudler i Scully dowiadują się, że ich ośmioletnie córki są bliźniaczkami jednojajowymi i zostały stworzone w ramach kontynuacji eksperymentu eugenicznego z lat 50., który polegał na klonowaniu chłopców o imieniu Adam i dziewczynek o imieniu Ewa. Klony były silniejsze i bardziej inteligentne, ale jednocześnie skłonne do zaburzeń psychotycznych.

W tym odcinku agenci Archiwum X pracują wraz z inspektorem ze Scotland Yardu. Mają odnaleźć człowieka, który potrafi wzniecać ogień siłą umysłu, i który wybrał na swe ofiary członków brytyjskiej arystokracji.

Umiera ojciec Scully. Tymczasem ginie dwoje nastolatków, a pewien skazaniec, oczekujący na egzekucję, twierdzi, że jest jasnowidzem i może doprowadzić Muldera do seryjnego zabójcy, w zamian za złagodzenie wyroku z kary śmierci na dożywocie. Scully jest skłonna mu uwierzyć, ale Mulder pozostaje sceptyczny.

Dochodzi do pięciu morderstw które łączy pewna zagadkowa substancja znaleziona na miejscu zbrodni. Śledztwo Muldera i Scully prowadzi do pewnej sekty, której jeden z członków posiada zdolność zmiany swojej płci.

Napad na bank kończy się strzelaniną pomiędzy rabusiami a agentami FBI. Jeden z agentów rannych w strzelaninie który jest jednocześnie byłym chłopakiem Scully, zostaje opętany przez ducha zabitego w trakcie napadu kryminalisty.

Psychopatyczny przestępca z jednej ze starych spraw Muldera – John Barnett – powraca, by dokonać na nim zemsty za wsadzenie go do więzienia. Przed jego zwolnieniem, pewien lekarz renegat znalazł sposób na odwrócenie procesu starzenia się, wykorzystując Barnetta w charakterze królika doświadczalnego. Agenci ścigają się z czasem, by złapać nierozpoznawalnego, młodzieńczego Barnetta zanim ten spełni swoje groźby i wymorduje wszystkich bliskich Muldera.

Agenci Mulder i Scully otrzymują wiadomość o ciężarówce przewożącej szczątki UFO. Kiedy udaje im się wytropić ciężarówkę, okazuje się, że zostali celowo wprowadzeni w błąd i prawdziwe szczątki istoty pozaziemskiej znajdują się zupełnie gdzie indziej - w Fort Benning w Georgii. Kiedy Mulder i Scully usiłują tam się dostać, jest już za późno...

Muldera dręczą wizje dotyczące uprowadzenia przez kosmitów jego siostry. Agent prowadzi śledztwo w sprawie rzekomego cudotwórcy, który wykorzystuje swój talent zarówno do leczenia jak i do zabijania.

Mulder i Scully jadą do indiańskiego rezerwatu w północno-zachodniej Montanie, aby przeprowadzić śledztwo w sprawie nieumyślnego spowodowania śmierci. Mulder wierzy, że sprawa łączy się z pierwszym, kiedykolwiek stworzonym Archiwum X w FBI, którego głównym przedmiotem jest likantropia, inaczej wilkołactwo.

Trzydziestu drwali pracujących w lasach Waszyngtonu zostaje uznanych za zaginionych. Okazuje się, że podobny przypadek miał już miejsce w latach 30-tych a związek z tajemniczą sprawą może mieć nieznany gatunek owadów zamieszkujący okolice.

Eugene Tooms, seryjny morderca a zarazem mutant żywiący się ludzką wątrobą który został schwytany przez Muldera i Scully, zostaje zwolniony z więzienia. Para agentów musi go powstrzymać, zanim ten znów zacznie zabijać.

Agenci Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie kilku zabójstw, z którymi prawdopodobnie powiązana jest pewna dziewczynka. Wszystko wskazuje na to, że wcielił się w nią duch zamordowanego policjanta.

Mulder i Scully prowadzą śledztwo dotyczące morderstwa popełnionego w ośrodku naukowym. W miarę, jak jeden po drugim giną kolejni członkowie zespołu badawczego, jedynym podejrzanym staje się umysłowo upośledzony dozorca o imieniu Roland.

Próbując uratować Muldera z rąk porywaczy, Scully znajduje dowody tajnych, rządowych eksperymentów. Okazuje się, że prowadzone są badania których celem jest połączenie ludzkiego DNA z DNA przybyszów z kosmosu.