Mulder (David Duchovny) bada sprawę kobiety która twierdzi, że jej nienarodzone dziecko zostało porwane przez diabła. Wszystko wskazuje na to, że kobieta zabiła swoje własne dziecko, jednak Fox zaczyna wierzyć, że w sprawę jest zamieszany jej mąż.

Burmistrz małego miasteczka prosi Muldera i Scully o przeprowadzenie dochodzenia w sprawie Daryla Mootza, człowieka, który rzekomo jest w stanie wywołać deszcz. Mootz podejrzany jest o spowodowanie lokalnej suszy po to, by mógł wyłudzać pieniądze od farmerów w zamian za sprawienie, by na ich terenie padało.

Skinner zapada na tajemniczą chorobę, która w ciągu 24 godzin może doprowadzić do jego zgonu. Mulder i Scully ścigają się z czasem, aby znaleźć lek na jego przypadłość. Dowiadują się również, że nieuchronnie zbliżająca się śmierć ich szefa jest w jakiś sposób powiązana z ustawą senatu nr 819, na mocy której Światowa Organizacja Zdrowia ma otrzymać pieniądze i zaopatrzenie.

Agentce Scully zostaje przydzielony nowy partner, w celu przeprowadzenia pojedynczego śledztwa. Fotograf Alfred Fellig ma talent do pojawiania się na miejscu zbrodni, wkrótce po dokonaniu morderstwa i na długo przed przybyciem policji. Miejscowe władze podejrzewają, że Fellig może sam zabijać ofiary zanim je uwieczni na swoich zdjęciach.

W niemal rok po swoim porwaniu, pojawia się ponownie Cassandra Spender, w idealnym stanie fizycznym, jako pierwsza udana hybryda człowieka i obcego. Konsorcjum walczy o przetrwanie, w miarę jak pozbawieni twarzy kosmiczni rebelianci dążą do ujawnienia ich spisku z kolonizującymi Ziemię obcymi. Mulder i Scully starają się poznać tożsamość Palacza i chronić Cassandrę przed konsorcjum, które pragnie jej śmierci.

Agenci Mulder i Scully zostają poddani rygorystycznej kwarantannie po tym, jak wchodzą w kontakt z Cassandrą Spender. Tymczasem podejrzliwa Diana Fowley robi się coraz bardziej lojalna w stosunku do Palacza.

Na prośbę Arthura Dalesa, Mulder i Scully udają się na opanowaną przez huragan Florydę, by przeprowadzić śledztwo w sprawie zniknięcia jego sąsiadów, pary biologów morskich i ich syna. Podczas burzy, agenci zostają pozostawieni samym sobie w apartamentowcu, w którym grasuje morski potwór.

Nieudany napad na bank kończy się dla Muldera i Scully katastrofą. Mulder zostaje postrzelony przez napastnika, po czym on i Scully, wraz z wszystkimi pozostałymi, przebywającymi w banku, giną w wyniku eksplozji bomby, którą rabuś miał przymocowaną do swojego torsu. Ten sam dzień wciąż się powtarza w nieustannym cyklu i zawsze kończy się tak samo.

Mulder i Scully pracują pod przykrywką męża i żony, w celu zbadania pewnej zamożnej społeczności po tym, jak miejscowe śledztwo w sprawie serii tajemniczych zgonów par utrudnia zmowa milczenia.

Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie serii morderstw, które mogą być powiązane z legendarną, chińską rasą psa.

Uciekinier z więzienia rzekomo posiada zdolność przechodzenia przez obiekty stałe i ukrył gdzieś 90 tysięcy dolarów z napadu na bank, za który został skazany. Mulder i Scully muszą odnaleźć niebezpiecznego skazańca zanim ten dotrze do swojej byłej dziewczyny i pieniędzy.

Pewien introwertyczny pisarz, Philip Padgett, dostaje obsesji na punkcie Scully i przeprowadza się do budynku Muldera, żeby być bliżej niej. Wkrótce zaczyna pisać historię o skrywanej miłości i seryjnych morderstwach, której głównymi bohaterami są on i Scully. Jednakże opisywane przez niego zbrodnie zaczynają wydarzać się naprawdę, w taki sam sposób jak na kartach powieści. Zmagając się ze skończeniem swojej książki, Padgett zdaje sobie sprawę, że jedynym, idealnym jej zakończeniem jest uśmiercenie agentki.

Mulder odkrywa historię czarnego bejsbolisty z lat 40., który grał w drużynie małej ligi w Roswell. Gdy na fotografii zauważa łowcę obcych zakłada, że Josh Exley, rzeczony bejsbolista, może sam być kosmitą.

Samotni Strzelcy przebywają na konwencie przedsiębiorców przemysłu obronnego w Las Vegas, starając się pozyskać wewnętrzne informacje na temat tajemnic wojskowych. Gdy Byers zauważa w kasynie Susanne Modeski, przekonuje swoich kolegów do skłonienia Scully do przyjazdu do Las Vegas i wyśledzeniu, co Modeski tu robi i jakie są jej plany.

W trzy dni po zgłoszeniu zaginięcia, na górskim terenie odnalezione zostają szkielety młodego małżeństwa. Obszar, na którym je znaleziono, znany jest z aktywności UFO, zatem Mulder i Scully udają się tam, w celu przeprowadzenia śledztwa. Mulder znajduje parę żywą, a wszystkie znaki wskazują na porwanie przez obcych. Jednak nie wszystko jest takie, jakim się wydaje.

U wybrzeży Afryki zostaje odkryty pewien artefakt z wyrytymi na nim dziwnymi znakami. Po ich potarciu, Mulder zaczyna słyszeć w swojej głowie niejasne szmery. Agenci zamierzają poznać pochodzenie tego tajemniczego przedmiotu i dowiedzieć się, dlaczego oddziałuje on jedynie na Muldera.

W Afryce, Scully szuka odpowiedzi na przypadłość Muldera, usiłując odszyfrować dziwne znaki pochodzące z zatopionego statku kosmicznego. Z powrotem w Waszyngtonie, Skinner stara się pomóc Mulderowi, prowadząc na jego życzenie poszukiwania Michaela Kritschgaua, który może wiedzieć, co powoduje przyspieszoną aktywność mózgu agenta.

Stan Muldera nadal się pogarsza. Agent zostaje porwany ze szpitala przez Palacza z pozornie niewinnych powodów. Mulder doświadcza snów z innego życia, z dala od Archiwum X. Scully gorączkowo prowadzi poszukiwania partnera zanim będzie za późno.

Rob Roberts jest uzależniony od spożywania ludzkich mózgów. W miarę jak stara się opanować swój wszechogarniający głód i odmienić swoje życie, Mulder i Scully usiłują dowiedzieć się, kto jest zjadającym mózgi potworem.

W miarę jak zbliża się rok 2000, pewien religijny fanatyk, zwerbowany przez Grupę Millennium, doprowadza do zmartwychwstania czterech zmarłych członków tej grupy w postaci zombie, które mają sprowadzić na Ziemię koniec świata. Mulder i Scully proszą o pomoc Franka Blacka, byłego członka Millennium, usiłując jednocześnie powstrzymać apokaliptyczne plany organizacji.

Pewien licealista zostaje posądzony o brutalne zamordowanie zastępcy szeryfa. Mulder wierzy, że chłopak jest niewinny. Agenci wkrótce odkrywają, że podejrzanym może być ktoś, kto dysponuje nadludzką szybkością.

Pewien człowiek zostaje zrzucony przez gangsterów z 29. piętra budynku. Co niesamowite, podnosi się i odchodzi, nie odnosząc żadnych obrażeń. Mulder podejrzewa, że mężczyzna może posiadać paranormalne zdolności, ale wszystko wskazuje na to, że ten jest po prostu najbardziej fartownym człowiekiem na świecie.