Doggett i Scully prowadzą poszukiwania zabójcy, który wydaje się posiadać zdolność widzenia poprzez ściany.

Scully i Doggett prowadzą poszukiwania uznanego za zmarłego mężczyzny, który powraca do życia i powoli przemienia się w metal, gotów jednocześnie zemścić się na ludziach odpowiedzialnych za jego stan.

Na lotnisku w Bombaju, biznesmen Potocki zostaje zaczepiony przez żebraka na wózku inwalidzkim, który wydaje z siebie przeraźliwy wrzask. Potocki dociera do Waszyngonu, gdzie zostaje odnaleziony marwy. Agentka Scully (Gillian Anderson) podejrzewa, że inwalida jest hinduskim mistykiem, który przenika do ciał swoich ofiar, ale jej partner, agent Doggett (Robert Patrick) nie wierzy w jej przypuszczenia.

Skinner i Doggett prowadzą śledztwo w sprawie, nad którą Mulder pracował przed swoim zniknięciem. Dotyczyła ona rodziny i potwora wywodzącego się z indiańskich legend.

Ścigając się z czasem, Doggett wraz z grupą ekspertów usiłuje rozwikłać tajemnicę dotyczącą dziwnych przypadków zgonów w tunelu bostońskiego metra.

Scully natyka się na kobietę, której doświadczenia z porwania przez kosmitów, jak również objawy są zaskakująco podobne. Obie obawiają się teraz, że urodzą potomstwo obcych.

Wspierani przez agentkę Monikę Reyes, Scully, Doggett i Skinner poszukują Jeremiaha Smitha po tym, jak kosmici porzucają ciała niedomagających porwanych na Ziemi, co daje im również nadzieję, że Mulder może wciąż znajdować się wśród żywych.

Billy Miles, uznany za zmarłego, ożywa w kostnicy, co daje Scully nadzieję, że rzekomo nieżywy Mulder ma szansę, by powrócić do życia. Tymczasem Skinner kontaktuje się z Krycekiem, który może posiadać wskazówki odnośnie tego, co dzieje się z żyjącymi umarłymi.

Na trawniku Białego Domu zostaje zastrzelony pewien mężczyzna, który miał w posiadaniu dyskietkę o nazwie „Fight the Future”. Mulder, mimo iż grozi mu wydalenie z Archiwum X, prowadzi śledztwo w tej sprawie, podczas gdy Doggett zwraca się do starego przyjaciela z wojska, Knowle'a Rohrera, który może posiadać informacje na temat rzekomego spisku.

Po tym, jak zostaje wyrzucony z pracy, opętany przez samo zło pracownik biura morduje swoich byłych pracodawców. Agentka Reyes wierzy, że te same siły zła mogą mieć powiązania ze śmiercią syna Doggetta.

Mulder i Doggett niechętnie łączą siły, przeprowadzając śledztwo na platformie wiertniczej, gdzie doszło do tajemniczych morderstw. Istnieje podejrzenie, że załoga zarażona została wirusem czarnego raka.

Dziwaczna, gadzia istota więzi pod ziemią Doggetta i jego nową, mającą obsesję na punkcie Muldera partnerkę, a jedyną osobą, która może ich uratować jest zwolniony z Archiwum X Mulder.

Zespół Archiwum X musi chronić agentkę Scully i jej nienarodzone dziecko przed grupą super żołnierzy, którzy usiłują powstrzymać jej ciążę.

Mulder poszukuje odpowiedzi po tym, jak znalezione zostają powiązania pomiędzy Billym Milesem i członkami FBI. Scully i Reyes znajdują kryjówkę w odosobnionym miejscu w miarę, jak Scully przygotowuje się do porodu.

Wewnętrzne śledztwo Doggetta w sprawie dyrektora Alvina Kersha przysparza mu wielu wrogów. Jest wśród nich nowy dyrektor, Brad Follmer, który miał kiedyś romans z agentką Reyes. Okazuje się, że wszystkie dowody zostały zatuszowane. Mulder znika, a Scully odmawia podania obecnego miejsca jego pobytu. Na wolności grasuje topiąca mężczyzn piękna kobieta, która potrafi przebywać bez tlenu pod wodą. Jej wskazówki mogą pomóc Doggettowi w zakończeniu prowadzonego przez niego dochodzenia.

FBI rozpoczyna wewnętrzne śledztwo dotyczące nadużywania władzy przez agentów z Archiwum X. Doggett zaczyna działać praktycznie na własną rękę. Reyes i Skinner starają się go od tego odwieść. Shannon McMahon, która służyła kiedyś z Doggettem wyjawia mu, że jest jednym z prototypów super żołnierza. Nowe wskazówki naprowadzają agenta na tajne laboratorium na statku z okresu drugiej wojny światowej. Przeprowadzane tam eksperymenty mogą pomóc w wyjaśnieniu stanu zdrowia małego Williama Scully. Niespodziewanie na drodze Doggetta i McMahon staje uznany za zmarłego Knowle Rohrer.

Agenci starają się znaleźć powiązania pomiędzy pacjentem szpitala psychiatrycznego i szeregiem dziwacznych morderstw o podłożu satanistycznym. Podejrzenia padają na pewnego charyzmatycznego profesora leczącego się w zakładzie, który może wpływać na innych mężczyzn i zmuszać ich do popełniania rytualnych morderstw. Doggett uważa jego działania za zwykłą manipulację. Tymczasem Reyes ma wrażenie, że ma do czynienia z samym diabłem, który przejął w swoje władanie ciało i umysł profesora.

W czasie akcji Reyes zostaje zabita, a Doggett w ciężkim stanie trafia do szpitala. Zdarza się to w świecie alternatywnym i Reyes stwierdza, że zabójca potrafi podróżować między wymiarami.

Agenci Doggett i Reyes prowadzą śledztwo w sprawie przerażającego zgonu. Ofiarą jest nastolatek, którego mózg został zjedzony przez muchy. Podejrzenie pada na Dylana Lokensgarda, syna dyrektora szkoły i społecznego odrzutka. Chłopak wydaje się kontrolować zachowanie owadów, ale agenci nie są w stanie stwierdzić, na ile jego działania są świadome. Wkrótce okazuje się, że nie on jeden posiada takie umiejętności.