G.I. Joe jest zakodowaną nazwą elitarnej jednostki uderzeniowej, której personel składa się z wytrawnych żołnierzy rozmaitych wojsk armii Stanów Zjednoczonych. Głównym celem tej militarnej formacji jest unicestwienie zamiarów potężnej organizacji terrorystycznej zwanej „Cobra”, zmierzającej do dominacji nad światem.