Na pokładzie Battlestar Galactica odbywają się przygotowania do ceremonii przejścia okrętu i jego komandora w stan spoczynku, gdy zostaje zaatakowana przez Cylonów kolonia Caprica. Battlestar Galactica po 40 latach pokoju znów podejmuje walkę.
Minęły cztery miesiące od czasu, gdy Cyloni przejęli kontrolę nad obozem założonym przez ludzi na Nowej Caprice. Prezydent Gaius Baltar wykonuje wszystkie rozkazy najeźdźców. Tymczasem ruch oporu stara się zakłócać działalność Cylonów.
Laura Roslin zostaje aresztowana. Tymczasem Tigh planuje kolejne samobójcze zamachy. Natomiast John Cavil chce, żeby Ellen wyjawiła mu czas i miejsce następnego ataku.
Rozpoczyna się atak floty, mający zabezpieczać ewakuację kolonistów z Nowej Caprici. Tymczasem pułkownik Tigh dowiaduje się, że jego żona kolaborowała z Cylonami.
Lee Adama zauważa, że w ciągu trzech dni trzynaście osób zniknęło bez śladu. Wkrótce okazuje się, że na pokładzie Galactici odbywają się tajne sądy nad ludźmi podejrzewanymi o kolaborację.
Baltar gra w kotka i myszkę z Adamą i Roslin sądząc, że zostanie zabity jak tylko powie im to co chcą wiedzieć. Tymczasem Lee musi zmierzyć się z uczuciami do Kary.
Na pokład Galactici zostaje przyjęta grupa uchodźców z uleczalną chorobą. Wkrótce chorzy zaczynają umierać po otrzymaniu leku w którego działanie nie wierzą.
Po tym jak szef fabryki paliw dostarcza flocie zanieczyszczone paliwo i zostaje aresztowany za zdradę, Tyrol otrzymuje zadanie wyprodukowania nowego paliwa.
Załoga Galactici otrzymuje zadanie zapewnienia bezpieczeństwa Baltarowi i jego nowemu adwokatowi, po tym jak jego poprzedni obrońca zostaje zamordowany.