Serial Paradoks to historia zbudowana wokół postaci inspektora Komendy Głównej Policji, Marka Kaszowskiego (Bogusław Linda) oraz podkomisarz Joanny Majewskiej (Anna Grycewicz) - funkcjonariuszki Biura Służby Wewnętrznej. Majewska zostaje skierowana do zespołu Kaszowskiego, aby przy okazji badania wybranych spraw kryminalnych przeprowadzić śledztwo dotyczące samego inspektora. Każdy odcinek opisuje jedną, tajemniczą sprawę z niedalekiej przeszłości. Relacje dwójki głównych postaci ewoluują na przestrzeni serialu. Początkowo cechuje je wyraźna wzajemna niechęć, wynikająca zarówno z roli jaką pełni komisarz Majewska wobec Kaszowskiego, jaki i różnic charakterologicznych między nimi. Z czasem zaczynają nabierać do siebie wzajemnego szacunku, aby wreszcie obdarzyć się zaufaniem, a nawet szczerą, choć wciąż skrywaną sympatią.