Elliot to cierpiący na fobię społeczną, niewyróżniający się z tłumu, skryty w sobie programista. Jest specjalistą od cyberbezpieczeństwa w dużej korporacji AllSafe. Pewnego dnia spotyka tajemniczego anarchistę i hakera, tytułowego Mr. Robota. Nie wiadomo, kim jest ani skąd się wziął, ale przyświeca mu jeden cel - chce zniszczyć korporacyjną Amerykę. I z pomocą Elliota jest w stanie tego dokonać. Od tej chwili rozpoczyna się niebezpieczna gra, w której stawką będzie nie tylko życie bohaterów, ale również przyszłość świata, który znamy. Celem pierwszego ataku hakerów staje się bowiem potężna korporacja Evil Corp, która nie cofnie się przed niczym, aby bronić swoich interesów.