Elliot to cierpiący na fobię społeczną, niewyróżniający się z tłumu, skryty w sobie programista. Jest specjalistą od cyberbezpieczeństwa w dużej korporacji AllSafe. Pewnego dnia spotyka tajemniczego anarchistę i hakera, tytułowego Mr. Robota. Nie wiadomo, kim jest ani skąd się wziął, ale przyświeca mu jeden cel - chce zniszczyć korporacyjną Amerykę. I z pomocą Elliota jest w stanie tego dokonać. Od tej chwili rozpoczyna się niebezpieczna gra, w której stawką będzie nie tylko życie bohaterów, ale również przyszłość świata, który znamy. Celem pierwszego ataku hakerów staje się bowiem potężna korporacja Evil Corp, która nie cofnie się przed niczym, aby bronić swoich interesów.
Co tak naprawdę przydarzyło się Tyllerowi Wellickowi? Czas powrócić do wydarzeń z przeszłości, żeby rozwiązać zagadkę zaginięcia tej intrygującej postaci.
Jak potoczyły się losy sojuszników Darlene i Elliota z drugiej serii? Gdzie doprowadziła ich współpraca z niebezpiecznym rodzeństwem? Tymczasem gra pomiędzy Whiterose’em i Price’em trwa w najlepsze.
Elliot postanawia zamknąć kilka spraw z przeszłości. Tym razem chce zrobić to jak należy. Podczas swoich podróży natyka się na pewnego chłopca, z którym nawiązuje więź. Pod wpływem tego spotkania Elliot wraca pamięcią do swoich relacji z ojcem.
Mr.Robot ponownie pogrywa z Elliotem. Alderson nie jest pewien, jakich czynów dopuszcza się alter ego podczas jego nieświadomości. Darlene nawiązuje ryzykowną relację z Dom. Chce w ten sposób uzyskać potrzebne informacje. Tyrell dostaje od swoich zwierzchników nowe zadanie.
Irving pokazuje swoją prawdziwą twarz. Elliot i Darlene są w wielkim niebezpieczeństwie. Tymczasem Angela poznaje prawdę o swoim ojcu, a agent Santiago staje się ofiarą toczącej się gry. Alderson i Mr.Robot wreszcie dochodzą do porozumienia. Żeby skutecznie funkcjonować, muszą zacząć współdziałać.