Wywodzący się z Hiszpanii kardynał Rodrigo Borgia był znakomitym politykiem i jednocześnie namiętnym mężczyzną oraz troskliwym ojcem. Gdy w 1492 roku został wybrany papieżem i przyjął imię Aleksandra VI postanowił uczynić swoje dzieci najpotężniejszymi ludźmi na Półwyspie Apenińskim. Serial koncentruje się na postaciach Cesarego, zdolnego polityka, pierwowzoru Księcia ze znanej rozprawy Macciavellego oraz pięknej córki Aleksandra, Lukrecji, która stała się narzędziem powiększania wpływów rodziny.
Młody arystokrata Álvaro Mondego wpada w ręce grupy piratów dowodzonych przez kapitana Bocanegra i jego córkę Carmen. Wkrótce dowiaduje się, że są oni na tropie legendarnego skarbu, postanawia więc przyłączyć się do poszukiwań.
Druga połowa XIII wieku. Na półwyspie Iberyjskim trwają walki pomiędzy królestwami chrześcijańskimi i muzułmańskimi. Chrześcijański rycerz Rodrigo powraca z wojny do domu. Po przyjeździe dowiaduje się, że jego zamek został zdobyty przez muzułmanów, a jego najstarszy syn został zamordowany przez wojowników Abu Bakra. Rodrigo poprzysięga zemstę.
Mediolan rok 1640. Bracia Ferrante i Ippolito zakochują się w tej samej kobiecie, pięknej Livii Cornero. Pewnego dnia dochodzi do tragedii. Wskutek fatalnego zbiegu okoliczności Livia zostaje zabita przez Ippolito. Po tym wydarzeniu bracia opuszczają Mediolan. Ferrante zostaje sławnym piratem, natomiast Ippolito francuskim szpiegiem.
W 1685 roku angielski król James skazuje lekarza Petera Blooda, który udzielił lekarskiej pomocy rannemu buntownikowi, na deportację na Jamajkę w charakterze niewolnika. Na Karaibach Peter Blood wiedzie nędzne życie do czasu, gdy udaje mu się zbiec z wyspy wraz z kilkoma przyjaciółmi na przechwyconym statku. Od tej pory staje się piratem i wodzem hiszpańskich buntowników walczących przeciwko okrutnym rządom króla.