Film jest adaptacją powieści
Maurice'a G. Danteca, "Babylon Babies". Bezwzględny i twardy Weteran marines o imieniu Toorop (
Vin Diesel), zostaje wynajęty do tajemniczego zadania. Zadaniem bohatera jest eskortowanie pewnej kobiety z Rosji do Ameryki. Dziewczyna nosi w sobie genetycznie zmodyfikowany embrion, który jak wierzy jedna z amerykańskich organizacji religijnych jest ich nowym Mesjaszem. Akcja
Babylon A.D. osadzona jest w przyszłości, w świecie rządzonym przez media i technologię.