Historia zaczyna się od Leona - małego geniusza, który uwielbia wynalazki i dziwaczne gadżety. Ma też ogromną nadzieję, że w końcu znajdzie sobie rodzinę, której nigdy nie miał. Leon wyruszy w podróż, która zaprowadzi go do miejsca jakiego on by nawet nie wymyślił. Miejsca, w którym słowo "niemożliwe" nie istnieje - do przyszłości.
Akcja rozgrywa się w roku 2015, piętnaście lat po katastrofie znanej jako Drugie Uderzenie, podobno spowodowanej upadkiem meteorytu na Antarktydę, który doprowadził do przesunięcia osi ziemskiej, zmian klimatu, powodzi i zmniejszenia populacji ludzkości o połowę. Kiedy ludzkości udaje się częściowo naprawić wyrządzone przez katastrofę szkody, Nowe Tokio-3 – zmilitaryzowane miasto zlokalizowane na ostatnich suchych obszarach Japonii – atakują dziwne istoty zwane Aniołami. Broń konwencjonalna okazuje się wobec nich bezużyteczna. Do walki w obronie Ziemi powstała organizacja NERV, która skonstruowała biomechaniczne roboty Evangeliony, sterowane przez wyznaczone do tego dzieci. Oprócz obrony przed atakami Aniołów, NERV ma jeszcze jedno zadanie do przeprowadzenia, Projekt Dopełnienia Ludzkości, a główną siłą czuwającą nad realizacją projektu jest tajna organizacja SEELE. Głównym bohaterem jest czternastoletni chłopiec, Shinji Ikari. Po latach rozłąki z ojcem zostaje przez niego wezwany do głównej siedziby NERVu, gdzie dowiaduję się, że ma być pilotem Evangeliona. Czy będzie gotów podjąć to zadanie, od którego zależą losy całego świata?
Kôichi Uehara jest uczniem czwartej klasy z miasta Higashikurume na przedmieściach Tokio. Pewnego dnia podnosi coś, co uważa za skamielinę starożytnej istoty, jednak okazuje się, że odnalazł małe dziecko kappy (mityczne japońskie stworzenie wodne), które spało pod ziemią przez ostatnie 300 lat. Chłopak nadaje mu imię Coo i stają się przyjaciółmi, jednak z biegiem czasu kappa zaczyna tęsknić za swoją rodziną i wspólnie wyruszają w podróż odnalezienia jego gatunku.
Pół-człowiek, pół-demon. Potomek legendarnego wojownika. Pogromca demonów. Jego imię znane jest w każdym zakątku piekieł. Boi się go sam diabeł! Nie ma sobie równych w walce, a jego miecz i szybkostrzelne pistolety, sieją zniszczenie w niezliczonych szeregach jego krwiożerczych wrogów. - DANTE - To imię wojownika-legendy!
Były naukowiec nadworny prof. Akamashi i jego lalki-mordercy organizują zamach stanu i zabijają władcę Królestwa Forland i ludzi z jego otoczenia. Na Alitę poluje niejaka Falis. Obie bohaterki spotykają się i walczą, a w trakcie walki spadają ze skały. Nie giną jednak w tym wypadku. Dzieje się za to coś zupełnie innego - ich ciała wymieniają się duszami. Alita uwięziona w ciele brutalnej wojowniczki Falis, ma propozycję: Falis, która dysponuje wielką siłą, ma odzyskać dla Ality utracone Królestwo Forland. W zamian za to Falis będzie mogła żyć jak prawdziwa księżniczka. Tak rodzi się właśnie mordercza księżniczka - "Murder Princess".
Ścigany przez żołnierzy lokalnego władcy i tajemniczych wysłanników dynastii Ming, chłopiec, spotyka bezimiennego samuraja, który zgadza się mu pomóc. Dręczony wyrzutami sumienia wojownik po raz kolejny musi przelać krew swoich wrogów, ale tym razem w słusznym celu.
Wszyscy sądzą, że trzej rabusie z lasu są straszni i okrutni, lecz pod ich czarnymi płaszczami biją złote serca. Kiedy trzej bandyci znajdują małą dziewczynkę, Tiffany, zawijają ją w ciepły koc i zabierają do swojej kryjówki. Tam przygotowują jej wygodne posłanie. Kiedy Tiffany budzi się rano, widzi kufry i skrzynie pełne skarbów. „Co zrobicie z tymi wszystkimi kosztownościami?”. Rabusie spoglądają po sobie zaskoczeni. Nigdy nie pomyśleli, co można by zrobić z całym tym bogactwem.
Licealista Tomo Okayazaki zaczyna ostatni rok szkolny. Chłopak nie ma dobrego kontaktu z ojcem, a matka zmarła gdy był mały, przez co stara się jak najmniej przebywać w domu. Wszystko się jednak zmienia gdy na swej drodze do szkoły spotyka dziwną dziewczynę. Jest nią chorowita Nagisa Furukawa.
Pod przywództwem głupawej, ale za to dobrze zbudowanej Sonsaku Hakufu, Akademia Nanyo walczy z innymi szkołami, których uczennice są równie dobrze wyposażone przez naturę. Po śmierci dotychczasowego władcy, wybucha krwawa, bezlitosna wojna. Wojownicy pokładają nadzieję w klejnotach Magatma - mistycznych kamieniach, w których tkwi dusza jednego z wojowników z zamierzchłych czasów. Nie zważając na łamane kości, umierające ofiary i pękające majteczki, każdy z wojowników próbuje wypełnić swoje przeznaczenie. Na końcu brutalnej walki może zostać tylko jeden zwycięzca...