Starszy szeregowy Abdul Mohammed Bakr będący sunnitą ma wrócić do kraju po odbyciu misji w Iraku. Do powrotu nie dochodzi, bowiem zostaje on zamordowany i znaleziony nieopodal meczetu, w którym jest bardzo znany jego ojciec Khalid Mohammed Bakr. Śledztwo przejmuje Gibbs, a Ducky zostaje zmuszony przez dyrektora do przeprowadzenia autopsji.

Zespół Gibbsa dostaje informację o odnalezieniu prototypu nowego systemu obrony. Agenci ukrywają się w pobliskim budynku i po założeniu monitoringu i podsłuchu mają nadzieję złapać złodziei. Niestety, sprzęt zostaje ponownie skradziony, a winą zostaje obarczony osobiście Gibbs.

Agenci pod opieką Gibbsa wkraczają do mieszkania, w którym odnajdują zwłoki człowieka. Na miejscu oprócz ciała jest także owczarek niemiecki. Wskutek miłości Abby do zwierząt, robi ona wszystko aby uratować psa i nie dopuścić do oskarżenia go o śmiertelne pogryzienie.

Bardzo sprytny i mający duże doświadczenie handlarz bronią zostaje zamordowany. Wszystkie dowody wskazują na powiązania jego i agencji NCIS, toteż wskutek tych faktów FBI rozpoczyna wewnętrzne śledztwo mające na celu wyjaśnienie sprawy.

Trwa wojna w Iraku. Ginie żołnierz, a okoliczności jego śmierci zostają sklasyfikowane jako morderstwo. Wskutek tego NCIS ma wybrać i wysłać na miejsce dwóch agentów. Spośród ochotników dyrektor wyznacza do tej misji agenta DiNozzo oraz młodą agentkę Jardine.

Ziva David prowadzi sprawę pod przykrywką. Aby wykonać zadanie spotyka się z przystojnym mężczyzną, któremu niewątpliwie się podoba. Podczas podróży samochodem mężczyzna staje się podejrzliwy w stosunku do niej do tego stopnia, że odkrywa prawdę grożąc jej śmiercią.

Na miejsce zbrodni przybywa zespół Gibbsa oraz wezwany dr Mallard wraz z asystentem Palmerem. Wskutek zamieszania w budynku pozostaje sprawca morderstwa i tylko Jimmy Palmer widzi go i podąża za nim w pościg. Niestety, niedoświadczony asystent nie potrafi zidentyfikować sprawcy, jednak jego uwagi są cennym materiałem.

Dyrektorka NCIS Jenny Sheppard jedzie na pogrzeb zmarłego agenta. Podróżujący z nią Ziva i Tony nie odstępują jej na krok, jednak Jenny daje im wolne. Niebawem dołącza do niej stary znajomy Mike Franks, który ma jej pomóc.

Gibbsa i jego zespół dotyka tragedia, bowiem ginie bliska im wszystkim osoba. Gdy śledztwo nad śmiercią członka NCIS nabiera tempa, Gibbs odkrywa, że wszystko jest powiązane z jego akcjami, które przeprowadzał kilka lat temu. Wkrótce w całych strukturach agencji zostają dokonane poważne zmiany personalne.

Po zabójstwie dyrektor Jenny Shepard Leon Vance podejmuje decyzję o rozwiązaniu zespołu Gibbsa. Ziva zostaje wysłana jako tajna agentka do Izraela. Jethro dostaje zadanie wytropienia szpiega w nowo formującej się jednostce, do której dołączyli Kate Lee, Brent Langer i Daniel Keating. Wkrótce agent Gibbs odkrywa związek morderstwa pewnego podoficera marynarki z postanowieniem Vance'a w sprawie jego zespołu.

Agent DiNozzo prowadzi śledztwo w sprawie tajemniczej śmierci kapitana marynarki na lotniskowcu USS Seahawk. Prosi Gibbsa, by poinformował w Waszyngtonie wdowę o tragedii. Wychodzi na jaw, że kobieta została zamordowana. Jethro i Ziva angażują się w dochodzenie. Podejrzewają, że oficer zamordował swoją żonę i z powodu wyrzutów sumienia odebrał sobie życie. Okazuje się jednak, że sprawa jest dużo bardziej skomplikowana i kapitan już nie żył w chwili swojego rzekomego samobójstwa.

Tragiczny finał wycieczki rowerowej. W trakcie wyścigu mężczyzna wpada do wody. Wraz z nim wynurzają się z wody zwłoki kobiety ubranej w mundur wojskowy. To komandor podporucznik Kery McMalland. To ważna postać, bo była łącznikiem między Kongresem USA a Pentagonem. Wiedząc, że sprawa zrobi się głośna, z Gibbsem kontaktuje się dawny znajomy z wojska, aktualnie senator Patrick Killey. Prosi on Gibbsa o pomoc, aby przy rozwiązywaniu zagadki śmierci młodej oficer nie wypłynęło jego nazwisko. Ma ku temu osobiste powody. Zespół NCIS czeka zderzenie ze światem polityki, ze skomplikowanymi powiązaniami i zależnościami. Dyrektor NCIS Vance dostaje anonimową informację o romansie polityka z zamordowaną, ze wskazaniem miejsca ukrycia narzędzia zbrodni. Wiadomość przekazała osoba używająca specjalnego programu – syntetyzatora mowy. Tropy i okoliczności wskazują, że w morderstwo może być zamieszany senator Killey. Jednak Gibbs dalej ma wątpliwości. Dowody są zbyt oczywiste, żeby były prawdziwe. Rewolwer – narzędzie zbrodni, to naprawiany zabytek. Zarejestrowany u rusznikarza właściciel to teść senatora, który od dziewięciu lat nie żyje. Inny trop - podsunięty przez Killeya, to ustawa dotycząca przemysłu naftowego. W grę wchodzą ogromne pieniądze... Ale nagle następuje rozwiązanie. I jest ono zaskakujące nie tylko dla Gibbsa!

Sierżant piechoty morskiej w towarzystwie dwóch przyjaciół imprezuje w popularnym barze. Kiedy na skutek wypitego alkoholu przekraczają granice zostają usunięci przez ochroniarza. Sierżant wraca bo zostawił kartę kredytową a kaprale czekają na zapleczu baru. Przed powrotem sierżanta, jeden z nich - kapral marynarki Kelvin Taylor ginie w wyniku bandyckiego napadu, a będący z nim kapral Ethan LaCombe trafia do szpitala z poważnymi obrażeniami. Jethro, Ziva i McGee ustalają, że to właśnie LaCombe był celem zamachowców. Śledztwo prowadzi agentów do Stillwater, rodzinnego miasta Gibbsa. W sprawę zamieszani są dawni adwersarze Gibbsa. Jeden jest szeryfem a drugi znanym miejscowym celebrytą i bogaczem. Obaj za dawnych czasów prześladowali Gibbsa, a raczej usiłowali to robić... Pobity LaCombe mieszkał w Stillwater i kiedyś zalecał się do córki bogacza. Ten był bardzo przeciwny jakiemukolwiek związkowi młodych. Kiedy LaCombe jako żołnierz pojawia się w Stillwater, sprawy w swoje ręce bierze zięć - mąż dawnej sympatii LaCombe'a. To inicjator napadu pod barem! Gibbs i jego agenci nie zostali dobrze przyjęci. Ktoś spalił samochód NCIS w którym było małe laboratorium Abby… Mimo to ustala ona, że pobity kapral LaCombe to biologiczny syn bogacza, stąd jego gwałtowny kiedyś opór. Zdawał sobie bowiem sprawę, że mogłoby dojść do kazirodztwa, co w takim małym miasteczku równałoby się z kompletnym upadkiem autorytetu bogacza…

Sąsiadka wracając z joggingu zauważa awarię opony swojego samochodu. Odruchowo szuka pomocy u sąsiada, o którym wie, że dysponuje odpowiednim zapleczem. Niestety, zamiast pomocy znajduje ciało sąsiada wiszące w warsztacie. To zwłoki torturowanego starszego szeregowego z piechoty morskiej. Gibbs i zespół prowadzą śledztwo. Kiedy Gibbs i Tony chcą przesłuchać niedawno emerytowanego żołnierza, sierżanta piechoty morskiej, którego odcisk palca ujawnili na miejscu zbrodni zastają w jego mieszkaniu agenta specjalnego FBI Fornella. Fornell twierdzi, że marine jest kluczowym świadkiem FBI w procesie o morderstwo, jest do dyspozycji FBI od dwóch tygodni i nie może być mordercą kaprala. McGee stwierdza, że figurantem Fornella jest jeden z najbardziej znanych przestępców na Wschodnim Wybrzeżu. Stwierdzono, że inny żołnierz piechoty morskiej umiera podobnie jak kapral, po torturach. Emerytowany sierżant, ucieka, a Gibbs i Fornell ruszają w pościg, ujmują go po czym ponownie przesłuchują. Abby znajduje kluczowe dowody przeciwko gangsterowi, które wystarczą do skazania bandyty. Fornell i Gibbs łączą zatem siły. Tymczasem na chodniku, przed gmachem sądu, w dniu rozprawy, dochodzi do konfrontacji sierżanta z bronią w ręku i gangstera. Konfrontacja kończy się strzałem, który zamyka sprawę gangstera, ale nie marine...

Miesięczna rocznica ślubu zapowiada się wspaniale. Nagle z łazienki rozlega się przerażony krzyk kobiety. To w jednym z domów w bazie wojskowej zamiast czystej wody z prysznica wraz z wodą leci krew. W zbiorniku zasilającym wodociąg ekipa NCIS odnajduje ciało. W ustach znajdują notatkę z zakodowaną wiadomością i adresem strony internetowej, na której miesiąc temu zainstalowano filmik z morderstwa. To Billy Cole – pracownik myjni samochodowej. Ducky po przeprowadzeniu autopsji odkrywa, że ofiara jeszcze żyła, gdy przez nos usuwano jej mózg. Po usunięciu mózgu ofiarę zamrożono. Typowe czyny socjopaty – seryjnego zabójcy, a denat jest jego pierwszą ofiarą! Wkrótce Gibbs i Tony odszyfrowują wiadomość i odnajdują kolejne zwłoki, bosmana w stanie spoczynku. Zabójca zna Gibbsa. To zabójstwo też sfilmowano. Sprawa robi się bardzo groźna, bo bezpośrednio zagraża agentom NCIS. Zabójca był w biurze! Rozpoczyna się wyścig z czasem.

Podczas napadu na bank w bazie piechoty morskiej w Quantico zabity zostaje ochroniarz Vittorio. Nie miał szans na poddanie się, a ponieważ napastnicy zabrali niezbyt dużą ilość pieniędzy pojawia się teoria, że to być może on był celem ataku. Dyrektor NCIS Vance przypisuje do zespołu Gibbsa młodego debiutanta, by pomógł w rozwiązaniu sprawy. To były żołnierz piechoty morskiej, który stacjonował właśnie w Quantico. Wkrótce przy bramie bazy odnaleziony zostaje płonący samochód napastników. Abby odkrywa, że razem z nim zwęglił się cały łup. Ekipa podejrzewa, że napastnicy byli zawodowcami i mogli wcześniej obserwować bank. Potwierdza się teoria, ze celem był Vittorio a nie rabunek. Kierując się wskazówkami, których dostarczyła podobna sprawa sprzed pół roku, dochodzą do wniosku, że w napad zamieszany był syn ofiary, który około pół roku temu zniknął po napadzie na jubilera z całym łupem. Czy syn pojawi się na pogrzebie ojca? Gibbs i jego ekipa nadal zmaga się ze skutkami zdrady i śmierci agenta Brenta Langera. Gibbs nie wierzy w zdradę agenta, którego sam rekomendował i niejako równolegle do prowadzonego śledztwa szuka dowodów na jego niewinność. Ma dodatkowe zadanie – ocena przydatności do pracy w NCIS nowego, przydzielonego właśnie Dwayne'a Wilsona.

Gibbs kontynuuje wyjaśnianie śmierci agenta Brenta Langera. Udaje mu się znaleźć dowody na jego niewinność. Chodzi o tajny program „Domino”. Agentka i prawniczka Lee, która okazała się zdrajczynią i wykonawcą zleceń groźnego szpiega ma teraz pomóc w jego schwytaniu. Stawką jest jej przybrana siostra - Amanda, przetrzymywana przez bandytę. Satelita zrobił zdjęcie małej – którą rozpoznała Lee. Gdy Tony i Ziva znajdują dom, w którym powinna być Amanda, znajdują zwłoki nieznanego mężczyzny. Jest tam pokój w którym przetrzymywano dziewczynkę – mała odliczała dni porwania... Są ślady jej pobytu - jednak dziecka nie ma! Tymczasem Lee usiłuje zbić mężczyznę, który odbierał od niej meldunki. To Ted Bankston były analityk NSE. Działa pod presję, bo podobnie jak Lee chroni osobę najbliższą. Rok temu porwano mu żonę, a sprawca przesyła mu regularnie kosmyki włosów żony. Badanie włosów przez Abby wykazuje, ze żona Teda od dawna nie żyje! Skoordynowanie działania wielu ludzi oraz pendrive z „Dominem” powoduje ujawnienie miejsca pobytu głównego sprawcy. W jego domu pracuje superkomputer, ale przestępca jest nieobecny. Jest tam też uśpiona Amanda, leżąca na bombie. Miała po przebudzeniu spowodować eksplozję i zniszczyć dowody. Toni i Ziva ratują małą, ale superkomputer zostaje zniszczony. Główny przestępca zorientował się, że przegrywa. Uciekając, korzysta z Lee jako żywej tarczy. Ale żywa tarcza nie zatrzyma pocisków...

Mat marynarki wojennej ginie w wypadku samochodowym. Stracił przytomność prowadząc. Gibbs i jego ludzie uważają, że śmierć mężczyzny mogła zostać ukartowana. Dr Mallard twierdzi, że obrażenia wskazują na wcześniejsze ciężkie pobicie - są dwojakiego rodzaju i tylko część powstała w wyniku wypadku. Ponadto obrażenia z pobicia nie dość że powstały wcześniej, to ktoś usiłował je opatrzyć! Śledztwo prowadzi agentów do półświatka nielegalnych „podziemnych” walk. Żołnierze walczą ze sobą, żeby zarobić, ale znacznie więcej zarabiają organizatorzy. Niektóre walki są bardzo brutalne! Gibbs dociera do jednego z uczestników. To z nim denat walczył przed śmiercią i to on usiłował opatrzyć rany konkurenta. Nie wie kto go zabił, ale jego informacje mogą być bardzo cenne. Czy agentom NCIS uda się znaleźć bandytów odpowiedzialnych za organizację nielegalnego procederu i ustalić okoliczności zabójstwa podoficera?

Dzień przed Wigilią Bożego Narodzenia, rozwożący świąteczne paczki kurier dokonuje przerażającego odkrycia. Jego klienci, starsze małżeństwo zostało zamordowane. W dodatku, gdy obserwował wnętrze mieszkania przez okno, pojawiła się przed nim twarz starego człowieka, przerażonego jak on sam! Policja znajduje na miejscu zbrodni odciski palców nieżyjącego od lat bosmana. Na miejscu przestępstwa zaczynają pracę agenci Gibbsa z NCIS. Od razu stwierdzają, że detektyw policyjny swoje obowiązki wypełnił byle jak. Nie odnalazł sejfu obrabowanego z gotówki i kosztowności, czy guzika od mundurowej koszuli pozostawionego prawdopodobne przez zabójcę. Wytypował sprawcę, bo ten, ratując życie kobiety zostawił wszędzie swoje ślady linii papilarnych. Okazuje się, że były bosman, którego śmierć przed siedemnastu laty stwierdził patolog NCIS „Ducky” Mallard żyje i był w domu zamordowanego małżeństwa.