Do NCIS dociera wiadomość o śmierci więziennego strażnika. Został zabity na służbie przez jedną ze skazanych. W więzieniu przebywają jedynie zabójczynie. Kiedy agenci FBI prowadzą śledztwo w tym areszcie, dochodzi do zamieszek. Jeden z agentów zostaje uwięziony. NCIS udziela pomocy, a McGee staje się zakładnikiem skazanych kobiet. Kobiety uznają go za mediatora. Agent Timothy dowiaduje się o narkotykach, przemycanych przez zabitego strażnika, który czerpał z tego nie tylko materialne korzyści. W więzieniu skazane kobiety musiały sobie jakoś radzić i często ich stan był zależny od strażników. Jedna z nich miała niedługo opuścić zakład karny. Zabity strażnik wykorzystał ten fakt i zmusił córkę do świadczeń seksualnych...

Ekipa z NCIS ma poważny problem. W trakcie oględzin miejsca zabójstwa bosmana Lee zostaje zaatakowany I kilkakrotnie pchnięty nożem patolog NCIS dr Donald „Ducky” Mallard. Napastniczką jest kobieta w hidżabie, która w trakcie ataku użyła noża, tego, użytego do pozbawienia życia bosmana. Atakując krzyczała do Mallarda “ten który niesie śmierć”. Oskarżyła doktora o zabójstwo jej brata. To sprawa sprzed lat - z czasów, gdy dr Mallard służył w Afganistanie. Napastniczka schroniła się w ambasadzie Afganistanu, a ambasador oskarża Mallarda o zbrodnię wojenną. Ranny w dłoń dr. Donald “Ducky” Mallard pamięta Afganistan, i nie chce o ty mówić. To tam umarły wszystkie wzniosłe idee, młodego lekarza Mallarda. Chciał leczyć, chciał służyć, a wyszło jak wyszło! Łatał ludzi torturowanych, a nie rannych w walce. Były o wiele gorsze, bo raniły nie tylko ciało. Oprawca – Polak, “doktor ból” miał anomalię – nie odczuwał bólu. Idealnie nadawał się na oprawcę. Ale to lekarz leczył. A jak nie wyleczył był dla innych zabójcą, lekarzem niosącym śmierć! “Ducky” ma wyrzuty sumienia, że mógł, ale nie zapobiegł działalności oprawcy. Nie chce walczyć i oddaje się do dyspozycji ambasady Afganistanu. Ale Gibbs zdobył I przeczytał akta przyjaciela z tamtych czasów. Nie odpuści, jeśli oprawca żyje. Tylko jakim kosztem!?

Żeby zatrzymać jego samochód wrzucono mu pod koła manekin, zabrano kluczyki i zamordowano. Ciało komandora Jenningsa znaleziono w leśnej chatce z rozprutym brzuchem. Rana na głowie nie jest śmiertelna, a krew wskazuje, ze przyczyną śmierci był czad. Zatrucie potwierdził dr.“Ducky”. Gibbs wszczął dochodzenie na osobistą prośbę jego córki Rebeki. Myślała, ze ojciec nie zjawił się na kolacji z powodu kłótni rodzinnej. W piwnicy domu zabitego znaleziono zabawkę, misia Smails’a, a w jego elektronicznym wnętrzu zaszyfrowane informacje, pochodzące z Biura Bezpieczeństwa Wewnętrznego USA. Miś, to elektroniczny klucz hakerski do włamań komputerowych. Taki “klucz” zginął w miejscu pracy zabitego komandora. “Ducky” twierdzi, ze zabójca nie znęcał się nad ofiarą, ale szukał czegoś w jego ciele. Abby ustaliła że Jennings zginął bagażniku swojego samochodu, a zabiły go spaliny! Sprawca czegoś szukał i znalazł to w dwunastnicy. Zabójcą mógł być Saix, przestępca zajmujący się handlem informacjami. Jego odciski palców były w chacie – miejscu kaźni. Informacji nie potwierdzono z powodu jego śmierci. Odnalezienie zaginionego mikroprocesora i ustalenie powodu, dla którego nieżyjący Jennings włamał się do komputera Biura Bezpieczeństwa Wewnętrznego USA zmienia wszystko. Żadna zdrada, żadne handlowanie informacjami. Spawa kryminalna. Zwykła ludzka pazerność i chciwość jest prawdziwą przyczyną śmierci komandora Jenningsa.

Kpt.Justin Grejdi z Departamentu Obrony, a raczej jego ciało znaleziono w koszu na brudną bieliznę w hotelu. Współlokator, prawdopodobnie morderca wymeldowując się stwierdził, że nazywa się Anthony DiNozzo. Tymczasem prawdziwy agent DiNozzo leczy kaca w biurze NCIS, po wieczorze towarzyskim, co daje mu 100% alibi. Reini Grant – cywilny pracownik Pentagonu, podający się za Toniego sam oddaje się w ręce NCIS. Trzy lata temu Toni doprowadził do skazania go za przestępstwo, którego nie popełnił. Czy zabił? Gibbs postanawia dać nauczkę zarozumialcowi i od ujawnienia niewinności skazanego Toni ma ponownie poprowadzić śledztwo zastępując Gibbsa w charakterze szefa. Wbrew pozorom to raczej kara, a nie wyróżnienie. Daki poprawia błąd jaki popełnił przy ustalaniu godziny zgonu. Gdy kapitana zabijano, Grant jadł kolację w hotelowej restauracji. Więc nie zabił a jedynie ukrył zwłoki. DiNozzo dwukrotnie aresztował niewinnego Granta i teraz musi naprawić błędy. Dla narcyza Toniego to bardzo bolesne. Sprawa komplikuje się jeszcze bardziej, gdy okazało się, że podrzucono dowody na rzekomego zabójcę Grejdiego. W dniu zabójstwa przebywał on na Hawajach. To kpt Grejdi ze wspólnikiem popełnił przestępstwo, za które trzy lata siedział w więzieniu Grant. Dlaczego Grejdi zginął i kto jest zabójcą? Stawką jest milion dolarów. Łup czy zadośćuczynienie?!

Agenta NCIS - Jacka Pattersona zastrzelono w trakcie nadawania przesyłki. Abby ma straszne wyrzuty sumienia, bo denat pilnie chciał się z nią spotkać. Abby myśląc, ze chodzi o randkę przełożyła spotkanie o 24 godziny. Przesyłka zza grobu od Pattersona zawiera pejzaż z Arizony, a jedna z kul, które go ugodziły, pochodzi z broni, której użyto do zabójstwa dwa lata temu właśnie w Arizonie. Zabójstw z tej broni było w przeszłości w Arizonie więcej. Podejrzany o zabicie agenta marynarz Zem, którego agent obserwował ma alibi. Kiedy jednak autorka przysłanego pejzażu, Dina Risi, mieszkająca w Arizonie znika w tajemniczych okolicznościach Gibbs z Tonym do tego stanu. Abby informuje go telefonicznie, że przypadkiem odkryła powód przysłania obrazu. Farba zawiera rudę uranu. Odkryła to Dina Risi – powiadomiła Pattersona. Ta wiadomość kosztowała go życie. A teraz życie wszystkich, którzy o tym wiedzą jest zagrożone!

Tyller Ovens czarny żołnierz-rezerwista korpusu, wyłowiony z jeziora Michigan. Zabity pięcioma strzałami z własnego rewolweru. Zginął w walce. Za paskiem miał dwa ciężarki z własnej sali gimnastycznej. Na prośbę dyrektora Vance’a, ciało i rzeczy przysłano do zbadania z Chicago. To przyjaciel Leona z czasów treningu w boksie.. Gibbs jest zaskoczony, bo ma zablokowany dostęp do informacji. Dlaczego?! Toni eskortuje do NCIS siostrę zabitego Tarę Cole, przysłaną przez Leona, jej dawnego chłopaka. O zabójstwo podejrzany jest Joseph/Joe Banks dawny rywal Vance’a i kiedyś gangster. Kupował i ustawiał walki bokserskie. Jednak Vance nie wszystko wie o swoim dawnym rywalu.Teraz to szef i mąż Tary. Czy śmierć Taylera Ovensa to jego sprawka?!

Gdy na lufie rewolweru będącego w posiadaniu dwunastoletniego syna wojskowego odkryto ludzką tkankę mózgową Sprawa stała się bardzo poważna. Trudno ustalić, skąd narzędzie zbrodni znalazło się u chłopca, bo ten kłamie. Abby z wrodzoną sobie przenikliwością ustala: strzelca, ofiarę, datę przestępstwa i odpowiedzialnych za przechowanie rewolweru. Rewolwer zdeponowano w NCIS! Noa i jego dwaj koledzy „namówieni” przez Toniego i Tima wskazują miejsce znalezienia zwłok, przy których leżał rewolwer. Jednak ciało zostało nadgryzione. Dyllon Byc, lat 19, notowany szuja i narkoman, zginął ze znalezionej broni. Ale nie tylko on. Śledztwo się gmatwa. Ślady opon, to nie opony samochodu, a zabójca to nie bandyta, ani gangster. A broń; Abby twierdziła, że w tym rewolwerze tkwiło zło…

Trent Kort – agent CIA nie może działać na terenie USA. Mimo to zabija „w obronie własnej” dwóch bandytów. Ponieważ agent Gibbs jest mu winny przysługę ściąga go na miejsce.Stawką jest poszukiwany gangster Jonathan Siravo. Bandyci porozumiewają się grając w grę taktyczną „Przemysłowcy 3” . Abby i Tim rozszyfrowują sposób porozumiewania się i namierzają spotkanie. Niestety za późno. Dr. Mallard przyjmuje do prosektorium następnych dwóch nieboszczyków ze świty Siravo. Na skutek zdrady dochodzi do napadu na bezpieczny lokal, w którym znajduje się Sterilng – księgowy Siravo. Wyjątkowe umiejętności bojowe Zivy dodają Mallardowi następne dwa ciała z klanu Siravo. Sterlinga przejęli szeryfowie federalni USA. Sam Siravo to roślina. Zapadł w letarg po wypadku motocyklowym. Kto zatem zabija?! Kto zabiera pieniądze, które znikają z kont Siravo?!

St. Szer. Marto Rix tuż przed śmiercią wołał przez wojskowy skaner o pomoc. Połączył się jedynie z elektroniczną nianią, pewnego niezbyt zgodnego małżeństwa. Żołnierz zmarł na wylew spowodowany użyciem wobec niego paralizatora. W wyjaśnieniu dziwnej śmierci nie pomoże Abby. Została „wypożyczona” przez FBI, do bardzo ważnej i równie dziwnej sprawy. Pracujący dla rządu dr Phillip Heller nad czymś pracował. Dwie współpracujące z nim osoby zginęły w zamachu, a on zniknął. Zagrożone jest życie wielu osób. To żołnierze – weterani z Afganistanu, wszyscy chorzy na dziwna chorobę. Abby musi odgadnąć nad czym pracował zaginiony naukowiec i dokończyć jego projekt. Pod paznokciami st. szeregowca Rixa znaleziono resztki skóry z DNA właśnie dr. Hellera. Dwie różne sprawy stały się jedną. Skoro życie Hellera było zagrożone, to co grozi Abby?! Choroba może nie być chorobą tylko bronią. Tymczasem Abby potraktowała sprawę bardzo osobiście, gdy pewien bardzo zarozumiały weteran-sierżant stwierdził, że Bóg dał jej piękne ciało, ale poskąpił rozumu. Robert King – sierżant, mądrala bardzo pomylił się co do rozumu panny Sciuto. I nie tylko on…

Wydawałoby się, że partia pokera, czterech starszych panów w prywatnej willi nikogo nie może dziwić. Ale taki poker w wykonaniu czterech szefów, czterech agencji USA, zajmujących się zdobywaniem informacji, i owszem. Właśnie dlatego prywatny poker jest ochraniany przez rządowych agentów Departamentu Bezpieczeństwa Narodowego. A zaciekawieni jego przebiegiem są nie tylko wrogowie. I tak ginie nieumyślnie agent ICE Sherman. Na szybie znajduje się wysokiej klasy „pluskwa”, zniszczona skwapliwie, przez szefową ochrony pokera, agentkę ICE. Timmi odkrywa lukę w zabezpieczeniu perymetru willi, a dr Ducky Mallard udowadnia, dlaczego śmierć Shermana była przypadkowa. Wszystko to „pozbierał” razem Toni. Zorientował się jak mogła wyglądać prawda i postanowił zadać parę pytań. Nie zdążył. Musiał bronić własnego życia…

„Tony” Di’Nozzo i „Tim” McGee nie wierzą w śmierć Zivy. Umiejętności Tima i aktywna pomoc Abby doprowadzają do sensacyjnego odkrycia. Ziva jest w niewoli, a przetrzymują ją terroryści w Somalii. Trochę ponad trzydziestu bandytów, ale dobrze uzbrojonych bandytów, walczących z każdym, kto nie wyznaje Allacha. Izrael to dla nich najgorszy wróg, więc nie wiedzą kim jest przetrzymywana przez nich Ziva. Obaj agenci naciskają w obecności Gibbsa na dyrektora NCIS Leona Vance w sprawie misji ratunkowej, ale ten kategorycznie odmawia Jednak Gibbs wie, że nieoficjalnie dyrektor poprze wysłanie dwóch agentów NCIS w celu potwierdzenia informacji. Tony i Tim ruszają do Somalii gdzie dają się pojmać. Potwierdzają, że kobieta – jeniec, to Ziva. Tony, mimo otrzymanego zastrzyku „na mówienie prawdy” opowiada przywódcy bandy epizody z pracy w NCIS. Chodzi o czas, aby trzeci, tajemniczy członek ekipy ratunkowej spokojnie przygotował się do działania. Gdy zniecierpliwiony szef bandy grozi nożem Zivie a później bronią Timowi przez szybkę pada strzał. To ten trzeci wyborowy snajper daje sygnał do rozpoczęcia akcji ratunkowej.

„Tony” Di’Nozzo i „Tim” McGee powoli wracają do siebie, po przejściach związanych z uwolnieniem Zivy. Są ciekawi, czy wróci ona do zespołu. Ona sama musi przejść badania, aby udowodnić ponownie swoją przydatność do służby. Prosi o pomoc Gibbsa. Tymczasem ujawniono zwłoki trzech wojskowych, których śmierć jest równie makabryczna, co zagadkowa. Zostali zabici każdy inaczej, a sprawca ogolił im po śmierci głowy. To prowadzi agentów do tropu związanego z przeszłością trzech nieżyjących przyjaciół. W szkole to byli macho, znęcający się nad słabszymi! Jeden z nich, sierż. Jorel Ross zachował tą naganną cechę do śmierci, a przyjaciele ze szkoły nie ustępowali mu w niczym. Nienawidziło go wiele osób, a opinia przełożonych o nim była wysoce naganna. To był po prostu kawał drania! Wielu życzyło mu śmierci! W tym prześladowany okrutnie w czasach szkolnych Howard Shelley, pracujący aktualnie w policji. Howard zdaje sobie sprawę, ze jest pierwszym podejrzanym o zabójstwo. Postanawia współpracować z NCIS, ale przypłaca to życiem. Sprawa zabójstwa policjanta ociera się o przemyt narkotyków, ale nie tylko. Chodzi o handel sprzętem wojskowym na wielka skalę. I o wielkie pieniądze! A Ziva wróciła do NCIS.

Matt Berns – znany bloger, ląduje na placu budowy drogi. Spadł z mostu, kilkanaście metrów w dół i „nadział się” na dwa pręty zbrojeniowe. Spadł, albo ktoś mu pomógł. Był wyjątkowym szują. Bezwzględnym i złośliwym pismakiem, rujnującym życie zawodowe wielu wpływowym ludziom i agencjom, w tym NCIS. Kpt. Rod Arnet z korpusu ginie w wypadku samochodowym, jadąc sto osiemdziesiąt kilometrów na godzinę. Berns oskarżał NCIS o machlojki w trakcie śledztwa dotyczącego śmierci tego oficera. Mimo to policja współpracuje z NCIS w sprawie blogera. Ziva ustaliła, że kpt. Arnet handlował informacjami. Berns korzystał z niektórych z nich i po śmierci uznał, że Arneta zamordowano, a NCIS tuszuje sprawę. W sprawie ujawniono, że właściciel baru, Willi Saton zarobił na akcjach firmy McAlister dwa miliony dolarów, po zdobyciu przez tą firmę kontraktu od wojska wartego miliardy. Informację o transakcji mógł uzyskać od kpt. Arneta, ale nie ma na to dowodów. Szukając prawdy Gibbs zleca ekshumację kpt. Arneta, a dr Mallard ma zbadać mózg nieboszczyka. Jednak zwłoki Arneta zniknęły z grobu. Żeby odtworzyć ostatnie chwile kapitana, McGee i Tony wykradają informacje z komputera pokładowego samochodu w którym zginął Arnet. W końcu McGee wpada na ślad, który udowadnia powiązanie kpt. Arneta z właścicielem baru Satonem. Obaj mieli zarobić na kontrakcie McAlistera, ale Arnet się zabił, a Berns domyślił zbyt wiele. Więc spadł z mostu…

Rybacy łowiący krewetki wyławiają z dna morskiego kości ludzkie. Jest też nieśmiertelnik sierżanta marines USA. Te szczątki to sierżant Denny Cleyer, specjalista od kontrwywiadu, od sześciu miesięcy – dezerter. Zerwał wszelkie kontakty: służbowe, towarzyskie i rodzinne. Ostatni raz widziany jako pasażer statku „Damokles” w rejsie do Afryki. Utonął około szesnastu tygodni temu, otrzymawszy przedtem postrzał w czaszkę. Został zamordowany. Tym samym statkiem do Somalii płynęła Ziva – wtedy, gdy zginął sierżant. Jest to wystarczający powód do zablokowania podania o przyjęcie jej do NCIS. Dyrektor Wance podejrzewa, że to Ziva jest morderczynią.

Halloween. W ten dzień psikusów grupa nastolatków znajduje w samochodzie, z uruchomionym silnikiem, miejscowego mistrza makabrycznych kawałów. Ale mistrz jest martwy. I nie zginął od spalin, tylko został zamrożony. To kapral piechoty morskiej James Corby. Jego maniakalna skłonność do żartów przysporzyła mu wielu zwolenników, jak i wielu wrogów. Był mocno pobity przez kolegów z drużyny. Próbowano go otruć! Niejaki Borns nie dostał naszywek sierżanta a szer. David Singer, z drużyny kaprala romansował z jego żoną. Zmrożone gardło wg. doktora Mallarda, to dowód na wypicie przez denata ciekłego azotu. Corby nie umarł od razu. Trochę trwało zanim się udusił. Kto go poczęstował zabójczym coctailem? I co zyskiwał?!

Okręt wojenny USA wychodzi z portu San Diego w Kalifornii w morze. Na jego torze dryfuje mała żaglówka „Kelly”. To łódka zbudowana przez Gibbsa. Dał ją w prezencie córce chrzestnej - Amirze, wnuczce przyjaciela Franksa. W łodzi znaleziono ciała dwóch byłych wojskowych, wyrzuconych ze służby. Pracowali w wielkiej agencjo ochrony kierowanej przez byłego płk. Malkolma Bela. Mike Franks, jego synowa Leyla i wnuczka Amira zniknęli. Franks, to emerytowany agent specjalny NCIS. Gdy Gibbs z ekipą wszczynają dochodzenie, w jego domu pojawia się cała trójka. Wyjaśnia się jak, dlaczego i kto zabił najemników. Ale nie wiadomo dlaczego oni chcieli zabić Franksa, chociaż mieli inne polecenia. Jednak ci dwaj nigdy nie umieli wykonywać rozkazów!. Podobnie jak ich pracodawca!

Zwłoki dr. Ellou Sibo - cywilnego lekarza zostają znalezione na terenie Akademii Marynarki Wojennej USA. Został zastrzelony. Sposób wskazuje na egzekucję, a rany na okrucieństwo i biegłość zabójcy. Przybyły na miejsce zbrodni dyrektor NCIS Vance ujawnia, kto z całą pewnością zabił lekarza. To wyjątkowo skuteczna i perfekcyjnie wyszkolona, skuteczna zabójczyni z Korei Północnej - Lee Wuan Kai. Vance twierdzi, że ma ona zadanie do wykonania a zagrożony jest każdy. Być może on i jego rodzina. Kiedyś zranił Lee, a ona go oszczędziła. W jakim celu znalazła się w Stanach Zjednoczonych?! Odpowiedź przyszła w dzień później. Postrzelony został emerytowany oficer Północno-Koreański Pak Su Ji. Szkolił Lee Wuan Kai w ośrodku dla sierot na super-zabójczynię. Postrzelony, nie zabity?! Vance przestał cokolwiek rozumieć. Śmierć postrzelonego po udanej operacji rozjaśniła nieco zagadkę. Zginął od trucizny jaką Lee zaprawiła pociski. Ale następna sprawa to znowu zagadka. Poznana przez McGee młoda i piękna dziewczyna, chciała go zabić. Nie zdążyła, bo zastrzeliła ją Lee Wuan Kai. Vance przestał rozumieć cokolwiek. Agentka północno-koreańska ocaliła życie agentowi amerykańskiemu?! Szybko otrzymał odpowiedź. W sposób nieoczekiwany i dramatyczny.

Nagle pada Internet na terenie trzech stanów USA. Przyczyną jest bandycki napad na centralę dostarczającej sygnał wielomilionowej rzeszy odbiorców. Padły również przekaźniki sieci komórkowej, oraz sieć energetyczna. W trakcie potyczki bandytów z ochroną ginie kpt. Emma Paxton, biorąca udział w napadzie po stronie bandytów. Pracowała w służbach kulturalnych – była producentem. Została zastrzelona przez jednego z bandytów. Jej mąż nie wierzy, że jego żona wzięła udział dobrowolnie w przestępstwie. Ponadto twierdzi, że była ofiarą. Ponieważ brak prądu wyłączył wszystkie urządzenia, Gibbs i jego podwładni muszą wrócić do metod sprzed elektroniki. Pod przewodnictwem Abby, poprzez wzrokową ocenę ustalają jednego z napastników. W jego domu znajdują zwłoki obu bandytów i przełożoną pani kapitan Paxton. Okazuje się, że obie, to oficerowie Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego. Bandyci wiedzieli kim była Paxton. Dlatego zginęła. Zrobiła jednak przedtem wszystko, żeby nie osiągnęli celu. Byli bardziej przebiegli. I dlatego w trzech stanach zabrakło energii elektryczne, sieci komórkowej i Internetu. To był bandycki plan awaryjny.

Znalezione przez dwójkę dzieciaków zwłoki kaprala Lozady, opiekuna dzieci genialnie uzdolnionych w instytucie naukowym spowodowało wszczęcie dochodzenia Gibbsa i jego ekipy. Początkowe podejrzenia o porachunki gangów okazały się mylne, gdy ekipa poznała dziewczynkę Angelę, którą zabity opiekował się i z którą się zaprzyjaźnił. Dziewczynce skradziono dwa kolarze, które własnoręcznie wykonała w czasie pobytu w instytucie. Gdy odtworzono je ze zdjęć Abby odkryła, że zawierają informacje. Pierwsza, potwierdzona - o śmierci jednej z pracownic instytutu. Jej zwłoki znaleziono w kanale ściekowym. Drugi kolarz zawierał treści stanowiące tajemnicę państwową. Nagle stało się jasne, że zdolności Angeli stanową zagrożenie życia, dla niej samej, jej matki i osób wokół niej. Umieszczenie jej w bezpiecznym miejscu nic nie dało. Angela zniknęła! Jednak zabójca popełnił błąd. Nie docenił geniuszu dziewczyny.

Jackson, ojciec Leroy’a Jethro Gibbsa odwiedza syna w Boże Narodzenie. To dla Gibbsa niespodzianka. Nie ma dla niego czasu. Nie wie, że jego tato przeżywa dramat, bo pierwszy raz zobaczył twarz bandyty, którego zabił w obronie własnej. W parku znaleziono ciało kpt. Toma Ellisa, w bieliźnie, na modlitewnym dywaniku wskazującym na muzułmańskie wyznanie oficera piechoty morskiej. Zginął od uderzenia w głowę, a Ducky twierdzi, ze denat znał napastnika i ufał mu. Ustalono, że żona porucznika miała romans, gdy kapitan był w Iraku. Jego przejście na islam przysporzyło mu wrogów tam, gdzie się tego nie spodziewał. Negatywnie zareagował jego młodszy brat Patryk. McGee ustalił, że zapłacono za jego śmierć żołnierzom. Interpol namierzył właściciela konta z którego przelano pieniądze. Pastor – pułkownik przyznał, ze bardzo źle zniósł przejście syna na islam, ale przecież nie chciał śmierci syna! Przyznał też, że przyczyną śmierci Toma była nietolerancja!