Naukowiec Jeffersonian Institute, dr Jack Hodgins, wciąga Waltera w poszukiwania statku kosmicznego obcych, który był widziany i został nagrany na taśmie wideo przez pilota powracającego wahadłowca. Pilot ten zginął za to, że nie umiał siedzieć cicho, natomiast drugi pilot, pułkownik Bradshaw, został zdyskredytowany przez tajną agencję rządową. Jednak nie wszystko jest takie, jakim się wydaje, a życie Waltera, jego rodziny i przyjaciół narażone jest na niebezpieczeństwo i groźby ze strony kobiety o kryptonimie „Pope”. Willa i Timo starają się rozwiązać swoje małżeństwo z pomocą wujka Shada.