W Japonii zaczynają pojawiać się gigantyczne niezidentyfikowane formy życia, które nazwano "Gatunkami Klasy S". Konwencjonalna broń nie dała im rady, w takiej sytuacji rząd japoński wydał tak zwany protokół o zwalczaniu gatunków klasy S i utworzył jednostkę specjalną, znaną jako SSSP. Członkami wybranymi do jednostki są: lider załogi Fumio Tamura (
Hidetoshi Nishijima), strateg Shinji Kaminaga (
Takumi Saitoh), fizyk Akihisa Taki (
Daiki Arioka) oraz biolog Yume Funaberi (
Akari Hayami). Mimo tego sytuacja dalej się pogarsza i magle pojawia się z kosmosu Ultraman, który rusza na pomoc Ziemianom.